结论：合同中未约定基础设施配套费时，土地契税的征收主要依据税法规定及地方具体政策，通常需将基础设施配套费计入契税计税依据，但具体处理方式可能因地区而异。以下从法律框架、计税依据确定、地方政策差异及实务建议四个方面详细说明：
1. 法律框架：契税的计税依据
根据《中华人民共和国契税法》第四条，契税的计税依据为：
- 土地使用权出让、出售：为土地权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款；
- 特殊情形：若合同未明确价格或价格明显偏低，税务机关可依法核定计税依据。
关键点：基础设施配套费虽未在合同中约定，但若属于土地权属转移过程中必须支付的费用（如政府收取的配套建设费用），可能被认定为“其他经济利益”，从而纳入契税计税依据。
2. 基础设施配套费是否计入契税计税依据
- 税务总局观点：根据《财政部 税务总局关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2021年第23号），土地使用权出让的计税依据包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费等实际支付的价款。若基础设施配套费属于政府收取的、与土地权属转移直接相关的费用，通常需计入契税计税依据。
- 地方实践差异：部分地区明确将基础设施配套费纳入契税计税范围（如山东省、河南省等），而部分地区可能未明确规定，需结合地方政策判断。
3. 地方政策差异的影响
由于契税的具体征收细则由省级政府制定，各地对基础设施配套费的处理可能存在差异：
- 明确纳入的地区：如山东省规定，土地出让契税计税依据包括土地出让金、城市基础设施配套费等；
- 未明确纳入的地区：需结合当地税务机关的解释或案例判断，可能通过“其他经济利益”条款间接纳入。
建议：通过当地税务局官网或咨询税务机关，确认基础设施配套费是否属于契税计税范围。
4. 实务建议
合同审查与补充约定：
- 若合同未约定基础设施配套费，建议与出让方协商补充协议，明确费用承担方及金额，避免后续争议；
- 若费用由受让方承担，需在合同中明确约定，并作为契税计税依据的组成部分。
税务申报与沟通：
- 在申报契税时，主动向税务机关说明基础设施配套费的情况，并提供相关凭证（如政府收费文件、缴费通知等）；
- 若税务机关要求将配套费纳入计税依据，需按要求缴纳；若认为不应纳入，可申请税务行政复议或诉讼。
风险防范：
- 避免通过“低价合同+额外支付”方式规避契税，可能被税务机关认定为“价格明显偏低”而核定计税依据；
- 关注地方政策更新，及时调整税务处理方式。
总结：合同未约定基础设施配套费时，土地契税的征收需结合税法规定及地方政策判断。通常，若配套费属于土地权属转移的必要费用，需计入契税计税依据。建议通过合同补充约定、与税务机关沟通等方式降低风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。