结论：签合作协议而不签劳动合同是否违法，取决于双方关系的实质。若双方实际存在劳动关系而未签订劳动合同，则违法；若双方为合作关系且明确约定，则不违法。以下是对此问题的详细分析：
一、合作协议与劳动合同的核心区别
主体关系：
- 合作协议：双方为平等的民事主体，地位平等，以合作为基础，不存在管理与被管理的关系。
- 劳动合同：用人单位与劳动者之间存在管理与被管理的关系，劳动者需遵守用人单位的规章制度。
内容差异：
- 合作协议：主要规定合作事项中的权利与义务，如合作方式、收益分配、风险承担等。
- 劳动合同：明确工作内容、劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险等劳动者权益。
法律适用：
- 合作协议：主要受民法调整，遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则。
- 劳动合同：受劳动法、劳动合同法规范，用人单位需承担更多的法律责任，如支付加班费、提供劳动保护等。
二、判断签合作协议不签劳动合同是否违法的标准
劳动关系特征明显时违法：
- 当一方提供劳动，接受另一方的管理和监督，且劳动是单位业务的组成部分，单位定期支付报酬时，双方实际存在劳动关系。根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条，应订立书面劳动合同。未签订则违法，用人单位可能面临向劳动者支付双倍工资或视为订立无固定期限劳动合同的法律后果。
- 举例：若员工在公司从事全职工作，接受公司的考勤管理，完成公司分配的任务，并定期领取工资，则双方实际存在劳动关系。此时，仅签订合作协议而不签订劳动合同是违法的。
合作关系合法时无需劳动合同：
- 若双方为平等的民事主体，基于合作项目开展合作，各自独立承担责任，不存在管理与被管理关系，则签订合作协议即可，无需劳动合同。
- 举例：双方合作开发软件，各自负责不同部分，按约定分享成果和承担风险。此时，双方为合作关系，签订合作协议是合法的，无需签订劳动合同。
三、实践中的判断依据与建议
- 在实践中，判断双方关系的性质需综合考虑实际行为、协议条款等因素。若对关系性质有争议，可通过劳动仲裁或司法程序进行认定。
- 对于用人单位：若与劳动者建立劳动关系，应依法签订劳动合同，以保障劳动者合法权益，避免法律风险。若确实为合作关系，也应在合作协议中明确双方的权利义务，避免产生纠纷。
- 对于劳动者：若认为与用人单位存在劳动关系而未签订劳动合同，可首先尝试与用人单位协商要求签订；协商不成的，可以通过劳动监察投诉或劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
四、法律后果
- 若用人单位未与劳动者签订劳动合同且双方实际存在劳动关系，用人单位可能面临向劳动者支付双倍工资、视为订立无固定期限劳动合同等法律后果。
- 若双方为合作关系而签订了合作协议，且协议内容合法、有效，则双方应按照协议约定履行各自义务，不存在违法问题。
综上所述，签合作协议而不签劳动合同是否违法，需根据双方关系的实际情况和协议内容来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。