以物抵债的金额在一般情况下不应当直接扣除申请执行人交纳的税费，但具体是否扣除需根据实际情况和相关法律规定来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 法律原则角度：

   • 以物抵债是债务清偿的一种方式，其本质是债务人用其所有的财产来抵偿所欠债务。在这个过程中，物本身的价值是核心考量因素。
   • 税费是交易过程中可能产生的额外费用，它并不直接构成物本身价值的一部分。因此，从法律原则上讲，以物抵债的金额不应当直接扣除税费。

2. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果以物抵债的物在交易过程中需要缴纳税费（如增值税、契税等），这些税费通常由哪一方承担，往往取决于双方之间的约定或者相关法律法规的规定。
   • 如果双方约定税费由申请执行人承担，那么在实际操作中，申请执行人可能需要先支付税费，但这并不意味着税费会直接从以物抵债的金额中扣除。税费支付和债务清偿是两个独立的环节。
   • 如果相关法律法规规定税费应由债务人承担，那么债务人在以物抵债时，应当确保物的价值已经扣除了应缴纳的税费，或者债务人需要另行支付税费。

3. 特殊情况考虑：

   • 在某些特殊情况下，如债务人确实无力支付税费，且双方同意将税费从以物抵债的金额中扣除，那么这种做法在双方自愿的基础上是可行的。但这种情况需要明确的书面协议来确认，以避免后续纠纷。
   • 另外，如果以物抵债的物存在瑕疵或者价值评估不准确，导致实际价值低于抵债金额，那么在这种情况下，税费的处理也需要根据实际情况进行调整。

建议：

• 在进行以物抵债时，双方应当明确约定税费的处理方式，包括税费由哪一方承担、是否从抵债金额中扣除等。
• 如果双方无法达成一致意见，或者对税费的处理存在争议，建议咨询专业律师或者相关税务部门，以确保交易的合法性和合规性。

可能后果：

• 如果税费处理不当，可能会导致交易无效或者产生后续纠纷。例如，如果税费应由债务人承担但未支付，申请执行人可能需要另行追讨税费；如果税费从抵债金额中扣除但未经双方同意，债务人可能会主张交易不公平。

综上所述，以物抵债的金额是否应当扣除申请执行人交纳的税费，需要根据实际情况和相关法律规定来确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。