店里存在纠纷时，店铺是可以进行转让的，但转让行为可能受到一定限制，且需根据纠纷的具体情况来分析转让的合法性和可行性。以下从不同角度为你详细分析：
一、纠纷性质对转让的影响
合同纠纷：
- 如果店铺转让涉及合同纠纷，比如与房东的租赁合同纠纷、与供应商的采购合同纠纷等，转让行为可能会受到合同条款的限制。例如，租赁合同中可能明确规定了租赁期间不得转租，或者转租需经房东同意等条款。在这种情况下，未经房东同意擅自转租可能构成违约，房东有权解除合同并要求赔偿损失。
- 建议：在转让前，应仔细审查相关合同条款，确保转让行为符合合同约定。如合同中有禁止转租或需经第三方同意的条款，应提前与相关方协商并取得同意，以避免法律纠纷。
侵权纠纷：
- 如果店铺因侵权行为（如侵犯知识产权、名誉权等）而面临纠纷，转让行为可能不会直接受到法律限制，但转让后新店主可能需承担原店主的侵权责任。
- 建议：在转让前，应彻底解决侵权纠纷，确保店铺不存在任何法律隐患。如无法立即解决，应在转让协议中明确约定侵权责任的承担方式，以保护新店主的合法权益。
行政处罚或诉讼纠纷：
- 如果店铺因违反法律法规而面临行政处罚或诉讼纠纷，转让行为可能会受到一定限制。例如，在行政处罚决定作出前，店铺可能不得进行转让；在诉讼期间，店铺的财产可能被法院查封或冻结，导致无法转让。
- 建议：在转让前，应了解店铺是否面临行政处罚或诉讼纠纷，并评估转让的可行性和风险。如存在相关纠纷，应等待纠纷解决后再进行转让，或与相关方协商解决方案。
二、转让过程中的法律注意事项
签订转让协议：
- 在转让店铺时，应签订详细的转让协议，明确约定转让双方的权利义务、转让价格、支付方式、违约责任等条款。
- 建议：转让协议应由专业律师起草或审查，以确保协议的合法性和有效性。协议中应特别注明纠纷的处理方式，如原店主应承担的债务、侵权责任等。
办理相关手续：
- 根据相关法律法规的规定，店铺转让可能需要办理工商变更登记、税务变更登记等手续。
- 建议：在转让前，应了解并办理相关手续，确保转让的合法性和有效性。如未办理相关手续，可能导致转让无效或面临法律处罚。
告知相关方：
- 在转让店铺时，应告知房东、供应商、客户等相关方转让事宜，并协商解决相关问题。
- 建议：与相关方签订书面协议或确认函，明确转让后各方的权利义务关系，以避免后续纠纷。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 如果转让行为违反法律法规或合同约定，可能面临法律处罚或承担违约责任。例如，擅自转租可能面临房东的解约和赔偿要求；未办理相关手续可能面临行政处罚等。
- 建议：在转让前，应充分了解相关法律法规和合同条款，确保转让行为的合法性和合规性。如存在不确定或风险较大的情况，应咨询专业律师的意见。
风险防范：
- 为降低转让风险，建议在转让前进行尽职调查，了解店铺的财务状况、法律纠纷、合同条款等情况。
- 建议：与转让方签订详细的转让协议，并明确约定违约责任和争议解决方式。在转让过程中，保持与相关方的沟通协商，及时解决可能出现的问题。
总结来说，店里存在纠纷时店铺是可以进行转让的，但需根据纠纷的具体情况来分析转让的合法性和可行性。在转让过程中，应签订详细的转让协议、办理相关手续、告知相关方，并充分了解相关法律法规和合同条款以降低风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。