核心结论：水务公司与政府签订特许经营协议后，维修费的处理需依据协议具体条款、相关法律法规及实际履行情况综合判断，常见处理方式包括协议约定优先、政府补贴或分担、市场化运作等。以下分情况详细说明：

1. 协议明确约定维修费承担主体

• 若协议明确约定维修费由水务公司承担：
  根据《民法典》第509条（全面履行义务原则），水务公司需自行承担维修费用，但可主张将维修成本纳入水价调整机制（需符合《城市供水价格管理办法》等规定），或通过协议约定的成本补偿条款向政府申请补贴。
  示例：协议约定“水务公司负责日常维护及大修，费用计入运营成本”，则公司需自行承担，但可依法申请水价调整。

• 若协议明确约定维修费由政府承担或分担：
  政府需按协议履行支付义务，水务公司可依据《民法典》第577条（违约责任）要求政府支付维修费及逾期利息。若政府拒付，可通过行政协议诉讼（依据《行政诉讼法》第12条）或仲裁（若协议约定）解决。
  示例：协议约定“政府承担50%大修费用”，则政府需按比例支付，否则构成违约。

2. 协议未明确约定维修费承担主体

• 依据《市政公用事业特许经营管理办法》第18条：
  特许经营协议应明确“政府承诺”条款，若政府未履行承诺导致维修费增加（如管道老化因政府规划滞后），水务公司可主张政府承担部分或全部费用，或通过协商补充协议明确责任。
  示例：因政府未及时迁移地下管线导致维修成本激增，水务公司可要求政府分担额外费用。

• 依据公平原则及行业惯例：
  若维修费属于“不可预见、非因水务公司过错产生”（如自然灾害），可参照《民法典》第6条（公平原则）及《基础设施和公用事业特许经营管理办法》第21条，要求政府给予合理补偿。
  示例：地震导致管道破裂，水务公司可申请政府补贴维修费用。

3. 维修费与水价调整的关联

• 若维修费属于合理运营成本：
  根据《城市供水价格管理办法》第10条，水务公司可申请调整水价，将维修费纳入定价成本，但需经价格主管部门审核并公开听证。
  示例：定期更换老化管道的费用，可通过水价调整机制分摊至用户。

• 若维修费因水务公司管理不善产生：
  政府或监管部门可依据《市政公用事业特许经营管理办法》第26条，要求水务公司自行承担费用，并可能处以罚款或终止特许经营权。
  示例：因未定期检修导致管道频繁破裂，维修费由水务公司自行承担。

4. 争议解决途径

• 协商：优先通过政府与水务公司协商补充协议或调整支付方式。
  
• 行政复议/诉讼：若政府拒不履行协议义务，可依据《行政复议法》第6条或《行政诉讼法》第12条提起行政诉讼。
  
• 仲裁：若协议约定仲裁条款，可向约定仲裁机构申请仲裁。

建议行动：

1. 立即审查特许经营协议中关于维修费、政府承诺、成本补偿等条款；
   
2. 收集维修费支出凭证、政府未履约证据（如规划滞后文件）；
   
3. 根据协议约定选择协商、诉讼或仲裁，并注意3年诉讼时效（自知道权利受损之日起算）。
   

如有进一步细节（如协议具体条款、维修费类型），可提供更多信息以便精准分析。