结论：变更调整超过合同金额90%时，能否直接签补充协议，需根据具体情况判断，包括合同类型、变更内容、双方协商情况以及是否违反法律法规强制性规定等因素。

分析：

1. 合同类型与变更内容：

   • 不同类型合同对变更的要求可能不同。例如，建设工程合同、买卖合同等，对于合同金额的变更可能有特定的规定或限制。
   • 变更内容是否涉及合同核心条款，如标的、数量、质量、价款或报酬、履行期限、地点和方式等，也是判断能否直接签补充协议的重要因素。若变更内容触及合同核心条款，可能需要更严格的协商和审批程序。

2. 双方协商情况：

   • 合同变更通常需要双方协商一致。若双方对变更调整超过合同金额90%无异议，并愿意通过补充协议的形式确认变更，那么直接签补充协议是可行的。
   • 若一方对变更提出异议，或双方无法就变更内容达成一致，则不能直接签补充协议，而可能需要通过诉讼、仲裁等途径解决争议。

3. 法律法规强制性规定：

   • 某些合同变更可能受到法律法规的强制性限制。例如，若合同变更涉及国家利益、社会公共利益或第三人利益，可能需要经过相关部门的批准或备案。
   • 若合同变更违反法律法规的强制性规定，如禁止性规定或效力性强制性规定，则补充协议可能无效。

建议：

• 审查合同条款：在考虑变更调整超过合同金额90%时，首先应仔细审查原合同条款，了解合同对变更的具体要求和限制。
• 双方充分协商：与合同相对方进行充分沟通，就变更内容、价款、履行期限等关键条款达成一致意见。
• 评估法律风险：在签订补充协议前，评估变更是否违反法律法规的强制性规定，以及是否可能引发其他法律风险。
• 签订书面补充协议：若双方协商一致且评估无风险，应签订书面补充协议，明确变更内容、价款、履行期限等关键条款，并由双方签字或盖章确认。

可能后果：

• 若未经充分协商或违反法律法规强制性规定直接签订补充协议，可能导致补充协议无效或部分无效，进而引发合同纠纷。
• 若因合同变更引发争议，双方可能需要通过诉讼、仲裁等途径解决，这将耗费大量时间、精力和金钱。

因此，在变更调整超过合同金额90%时，建议谨慎处理，确保变更合法、合规且双方协商一致后再签订补充协议。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。