结论：同学聚会非营利侵犯肖像权，主动删除三年后被起诉，是否有效需视具体情况而定，但一般来说，主动删除行为本身并不直接导致起诉无效，关键在于是否构成侵权及诉讼时效是否已过。以下从多个角度进行分析：
一、侵权行为的认定
- 肖像权侵权构成要件：
- 未经肖像权人同意，擅自使用其肖像；
- 以营利为目的（但非营利性使用也可能构成侵权，如恶意丑化、污损等）；
- 造成肖像权人损害（包括精神损害和可能的财产损害）。
在同学聚会的非营利性场景中，若未经同意使用了他人肖像，且该使用行为未得到肖像权人的许可，同时可能给肖像权人造成了精神上的不适或损害，那么该行为可能构成肖像权侵权。
- 主动删除的影响：
- 主动删除侵权内容表明侵权人认识到了自己的错误并采取了补救措施，但这并不直接消除已经发生的侵权行为及其可能带来的后果。
- 删除行为可能作为侵权人认错态度的一个体现，在量刑或赔偿时可能被考虑，但不影响侵权行为的定性。
二、诉讼时效的考量
诉讼时效期间：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
- 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
诉讼时效的中断与延长：
- 如果在诉讼时效期间内，侵权人主动删除了侵权内容，且肖像权人对此表示认可或未提出异议，这可能被视为侵权人承认侵权行为的一种表现，但通常不会直接导致诉讼时效的中断或延长。
- 然而，如果肖像权人在知道侵权行为后，与侵权人进行了协商、调解等，且这些行为导致了诉讼时效的中断（即诉讼时效期间重新计算），那么情况就会有所不同。
三年后被起诉的情况：
- 如果从肖像权人知道或应当知道侵权行为之日起已经超过了三年，且没有诉讼时效中断或延长的情形，那么肖像权人再提起诉讼可能会面临诉讼时效已过的风险。
- 但如果诉讼时效期间内存在中断或延长的情形，或者侵权行为持续存在（如侵权内容一直未被删除），那么诉讼时效可能并未过期。
三、法律建议
对于侵权人：
- 如果已经意识到自己的行为可能构成侵权，应尽快与肖像权人取得联系，协商解决方案，如道歉、赔偿等。
- 主动删除侵权内容是一个积极的补救措施，但应同时考虑与肖像权人进行沟通，以避免可能的法律纠纷。
对于肖像权人：
- 如果发现自己的肖像权被侵犯，应及时收集证据，如侵权内容的截图、链接等。
- 考虑与侵权人进行协商，看是否能够达成和解。
- 如果协商无果，且诉讼时效未过，可以向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
进一步思考：在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，包括侵权行为的性质、程度、持续时间以及双方当事人的态度等。因此，在处理此类纠纷时，应充分考虑各种因素，并寻求专业法律意见以确保自己的权益得到妥善维护。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。