结论：公司部门撤销时，要依法促使员工移交部门相关资料，需遵循合法、合理、透明的原则，通过明确的制度规定、有效的沟通协商以及必要的法律手段来确保资料的顺利移交。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、制度规定层面
完善公司制度：
- 公司应事先在员工手册或相关规章制度中明确规定，在部门撤销等组织架构调整情况下，员工有义务移交其掌握的部门相关资料。
- 制度中应详细列出需要移交的资料范围、移交的时间节点、移交的方式以及未按时移交的法律后果等。
制度公示与确认：
- 确保员工知晓并确认这些制度规定，可以通过培训、签字确认等方式进行。
- 在部门撤销前，再次向员工强调制度规定，确保员工清楚自己的义务。
二、沟通协商层面
提前沟通：
- 在部门撤销决定作出后，应尽早与员工进行沟通，说明部门撤销的原因、后续安排以及资料移交的重要性。
- 倾听员工的意见和顾虑，尽量解答员工的疑问，消除员工的担忧。
协商移交方案：
- 与员工共同协商制定资料移交的具体方案，包括移交的时间、地点、方式等。
- 对于重要或敏感的资料，可以协商采取加密传输、专人接收等安全措施。
三、法律手段层面
发送书面通知：
- 如果员工拒绝移交资料，公司可以向员工发送书面通知，明确要求其在规定时间内移交资料，并告知未按时移交的法律后果。
- 书面通知应留存好送达证据，如邮件发送记录、快递回执等。
依据劳动合同或规章制度处理：
- 如果员工仍然拒绝移交资料，公司可以依据劳动合同或相关规章制度的规定，对员工进行相应的处理，如扣发奖金、解除劳动合同等。
- 在处理前，应确保劳动合同或规章制度中有明确的规定，并且处理程序合法合规。
寻求法律救济：
- 如果员工的行为给公司造成了损失，公司可以依法向员工主张赔偿责任。
- 在必要时，公司可以向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求员工移交资料并赔偿损失。
四、实际操作建议
建立资料移交清单：
- 在部门撤销前，应建立详细的资料移交清单，明确需要移交的资料名称、数量、状态等信息。
- 清单应由部门负责人和员工共同签字确认，作为资料移交的依据。
指定专人负责接收：
- 公司应指定专人负责接收员工移交的资料，并确保接收人员具备相应的权限和资质。
- 接收人员应对移交的资料进行仔细核对和登记，确保资料的完整性和准确性。
保留相关证据：
- 在整个资料移交过程中，公司应保留好相关证据，如沟通记录、书面通知、移交清单等。
- 这些证据在后续可能发生的劳动争议或法律纠纷中具有重要的证明作用。
最后，公司在处理部门撤销和资料移交问题时，应始终遵循合法、合理、透明的原则，确保员工的合法权益得到保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。