针对您提出的“商店里卖宠物工商局怎么处理”的问题，这主要涉及到宠物销售商店的合规经营以及工商局（或相关市场监管、农业农村部门）的监管和处罚措施。以下是根据相关法律法规和实际案例的详细解答：

一、宠物销售商店的合规要求

1. 工商登记与备案：

   • 宠物销售商店需要依法办理工商登记注册手续，这是开展经营活动的基本前提。
   • 在领取营业执照后，部分地区（如上海市）还要求宠物销售商店到住所地的区、县动物卫生监督机构进行备案，以确保其具备从事宠物销售活动的资质和条件。

2. 动物检疫合格证明：

   • 宠物销售商店在销售宠物时，必须确保所售宠物附有有效的《动物检疫合格证明》。这是保障消费者权益和公共卫生安全的重要措施。
   • 未经检疫或检疫不合格的宠物不得销售，否则将面临法律处罚。

二、工商局（或相关监管部门）的监管措施

1. 日常检查与投诉举报处理：

   • 工商局或相关市场监管、农业农村部门会定期对宠物销售商店进行日常检查，确保其合规经营。
   • 同时，也会积极处理消费者的投诉举报，对涉嫌违法违规的宠物销售商店进行调查处理。

2. 违法违规行为的处罚：

   • 如果宠物销售商店未经备案从事宠物销售活动，或者销售无《动物检疫合格证明》的宠物，将面临工商局或相关监管部门的处罚。
   • 处罚措施可能包括罚款、责令改正、没收违法所得等，具体处罚力度会根据违法情节的严重程度和当地法律法规的规定来确定。

三、实际案例参考

1. 上海市普陀区市场监督管理局行政处罚案例：

   • 在该案例中，宠物销售商店因未经备案销售宠物狗且部分宠物狗无《动物检疫合格证明》而被处罚。
   • 处罚措施包括罚款人民币壹仟伍佰元整（针对未经备案销售行为）和罚款人民币伍仟元整（针对销售无检疫证明宠物狗行为）。

2. 南昌市农业农村局行政处罚案例：

   • 在该案例中，宠物销售商店因经营依法应当检疫而未经检疫的犬只而被处罚。
   • 处罚措施为处货值金额（1200元）的0.6倍即720元罚款。

四、建议与总结

1. 合规经营建议：

   • 宠物销售商店应严格遵守相关法律法规，依法办理工商登记和备案手续。
   • 确保所售宠物附有有效的《动物检疫合格证明》，保障消费者权益和公共卫生安全。

2. 消费者权益保护：

   • 消费者在购买宠物时，应要求商家出示宠物的《动物检疫合格证明》等相关证件。
   • 如发现商家存在违法违规行为，可及时向工商局或相关监管部门投诉举报。

综上所述，工商局（或相关市场监管、农业农村部门）对宠物销售商店的监管主要围绕合规经营和动物检疫合格证明等方面展开。宠物销售商店应严格遵守相关法律法规，确保合规经营；消费者在购买宠物时也应提高警惕，保障自身权益。