村委会无权擅自将您公司投资建设的厂房相关权益证明开给另一个人，这种行为可能涉嫌侵权，您公司可以通过法律途径维护自身合法权益。以下从不同角度为你详细分析：

从物权角度分析

1. 厂房所有权归属：如果厂房是由您公司全额投资建设，在建设过程中没有涉及其他复杂的产权约定（比如与村委会或其他第三方有关于厂房产权的特殊协议），那么根据一般的物权原则，您公司对该厂房拥有所有权。村委会并非厂房的所有权人，其无权对厂房的归属作出证明，将厂房权益证明开给另一个人，这种行为侵犯了您公司的物权。
2. 应对措施：您公司可以收集能够证明厂房是自己投资建设的相关证据，如建设合同、付款凭证、设计图纸等，向村委会提出书面异议，要求其撤销错误的证明。如果村委会拒绝，您公司可以向法院提起物权确认之诉，请求法院确认厂房的所有权归您公司所有，并要求村委会承担相应的法律责任。

从合同角度分析

1. 建设合同关系：在厂房建设过程中，您公司可能与施工单位、材料供应商等签订了一系列的合同。这些合同是您公司投资建设厂房的重要法律文件，能够证明您公司对厂房的投入和权益。村委会擅自开证明给另一个人的行为，可能会干扰这些合同关系的正常履行，给您公司带来合同纠纷的风险。
2. 应对措施：您公司可以对相关的合同进行梳理和整理，确保合同的完整性和有效性。如果因为村委会的行为导致合同相对方提出异议或要求解除合同，您公司可以依据合同约定和相关法律规定，向村委会追究违约责任或侵权责任。同时，您公司也可以与合同相对方进行沟通和协商，说明情况，争取对方的理解和支持。

从行政角度分析

1. 村委会行为的合法性：村委会是基层群众性自治组织，其职责是办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安等。村委会擅自开具厂房权益证明的行为，超出了其法定职责范围，属于越权行为，不具有法律效力。
2. 应对措施：您公司可以向当地的乡镇政府或县级政府的相关部门（如民政部门）反映村委会的越权行为，要求政府部门对村委会进行监督和纠正。政府部门有权责令村委会撤销错误的证明，并对相关责任人进行处理。

从侵权角度分析

1. 侵权行为认定：村委会将您公司投资建设的厂房开证明给另一个人，如果该行为导致您公司的经济利益受损，如厂房被他人非法占有、使用或处分，那么村委会的行为可能构成侵权。您公司有权要求侵权人（包括村委会和得到证明的另一个人）承担侵权责任，赔偿您的损失。
2. 应对措施：您公司可以先对损失进行评估和核算，收集能够证明损失的相关证据，如财务报表、市场价值评估报告等。然后，您可以与侵权人进行协商，要求其停止侵权行为，并赔偿您的损失。如果协商不成，您公司可以向法院提起侵权之诉，通过法律途径维护自己的合法权益。

在处理这个问题的过程中，您公司要注意保留好相关的证据，如建设资料、合同文件、与村委会的沟通记录等，以便在需要时能够证明自己的权益。如果您在处理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。