核心结论：在分公司签订协议但盖章为总公司的情况下，若需主张赔偿，关键在于明确合同主体及责任归属，具体可从以下角度分析处理：

1. 合同主体认定：总公司可能被认定为合同相对方

• 根据《民法典》第490条，合同自双方签字或盖章时成立。若协议上加盖的是总公司公章，通常视为总公司对合同内容的确认，总公司可能被认定为合同主体，需承担合同义务及违约责任。
• 例外情形：若协议明确约定“分公司为合同主体”或“分公司独立承担责任”，且总公司盖章仅为“见证”或“确认”，则可能需结合其他证据（如授权文件、履行行为等）综合判断合同主体。

2. 责任承担：总公司与分公司的连带责任可能性

• 分公司有独立财产时：若分公司有独立财产（如经工商登记的分支机构），且合同实际由分公司履行（如收款、发货等），分公司可能需与总公司共同承担责任（《公司法》第14条）。
• 分公司无独立财产时：若分公司无独立财产，或合同履行完全由总公司控制（如资金往来均通过总公司账户），则总公司需单独承担责任。

3. 维权步骤建议

• 第一步：固定证据
  收集协议原件、盖章记录、履行凭证（如付款记录、交货单）、沟通记录等，证明合同关系及违约事实。
• 第二步：明确被告主体
  根据合同主体认定结果，选择起诉总公司、分公司或两者共同作为被告。若无法确定，可同时起诉两者，由法院根据证据划分责任。
• 第三步：主张赔偿
  在诉讼中明确赔偿项目（如直接损失、违约金、利息等），并依据合同约定及法律规定计算金额。若合同未约定违约金，可主张实际损失（需举证）。

4. 风险提示

• 若总公司抗辩“盖章系误用”或“分公司越权签订”，需提供反证（如内部管理规定、授权文件等），否则可能承担不利后果。
• 若分公司已注销或无财产，即使合同主体为分公司，也可能面临执行困难，需提前调查分公司财产状况。

建议：根据具体案情（如合同内容、履行情况、分公司资质等）进一步分析，若有相关材料可提供，我可协助梳理法律关系及维权策略。