结论：重组家庭中若存在两套农村宅基地房屋，要使其合法，需根据具体情况判断是否符合“一户一宅”原则，若不符合，可通过分户、转让、政府收回等方式处理，以下是详细分析：
- 明确“一户一宅”原则
- “一户一宅”是指农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。这里的“户”通常是以公安机关户籍登记为准，但也要结合实际情况，比如家庭成员的婚姻、分家等情况。
- 如果重组家庭的两套房屋，从户籍登记和实际居住情况来看，实际上属于“两户”，那么可能并不违反“一户一宅”原则。例如，母亲再婚后，与继父各自在原家庭中已有一处宅基地，且双方户籍未合并，这种情况下可能各自算作一户，拥有各自的宅基地是合法的。
- 若不符合“一户一宅”原则的处理方式
- 分户申请宅基地：如果重组家庭的两套房屋确实属于同一户，且不符合当地宅基地面积标准等规定，可以考虑分户。分户后，符合条件的家庭成员可以以新户的名义申请宅基地。分户一般需要满足一定的条件，如年满一定年龄、有独立的居住需求、有固定的经济来源等，同时需要向当地公安机关提供相关证明材料，如身份证、户口本、分家协议等，办理分户手续。分户成功后，新户可以按照规定申请宅基地，而原户的宅基地使用情况则根据实际情况进行调整。
- 转让多余宅基地：如果家庭中有多余的宅基地房屋，且符合转让条件，可以将多余的宅基地转让给本集体经济组织内符合宅基地申请条件的成员。转让需要签订书面转让合同，明确双方的权利义务，并办理宅基地使用权变更登记手续。需要注意的是，转让宅基地必须遵循相关法律法规和政策规定，不得擅自转让给非本集体经济组织成员。
- 由村集体收回：如果多余的宅基地房屋无法通过分户或转让等方式处理，且符合村集体收回的条件，如长期闲置、房屋倒塌等，村集体可以按照规定收回宅基地。收回宅基地后，村集体可以根据实际情况进行重新分配或用于其他公益事业。
- 申请办理合法的具体流程
- 调查核实：首先，需要对家庭宅基地的使用情况进行全面调查核实，包括宅基地的位置、面积、房屋状况、户籍登记情况等。可以向当地村委会、国土资源部门等相关单位咨询并获取相关信息。
- 准备材料：根据具体情况，准备相应的申请材料。如分户申请需要提供分家协议、身份证、户口本等；宅基地转让需要提供转让合同、双方身份证明、宅基地使用证等；申请宅基地需要提供家庭成员身份证明、户籍登记证明、宅基地申请书等。
- 提交申请：将准备好的申请材料提交给当地村委会或国土资源部门等相关单位。村委会或相关部门会对申请材料进行初步审核，并将审核意见上报给上级政府部门。
- 审批公示：上级政府部门会对申请材料进行进一步审批，并将审批结果进行公示。公示期间，如有异议，可以向相关部门提出，相关部门会进行调查处理。
- 登记发证：经审批公示无异议后，相关部门会为符合条件的家庭办理宅基地使用权登记手续，并颁发宅基地使用证，从而使宅基地的使用合法化。
在处理农村宅基地问题时，不同地区的政策规定可能会有所差异，建议你及时向当地村委会、国土资源部门等相关单位咨询，了解具体的政策要求和办理流程。如果你在办理过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。