在行政立案后双方达成和解的情况下，行政机关通常会根据和解结果作出相应处理，具体处理方式需结合案件性质、和解内容及法律规定综合判断。以下从不同角度展开说明：

1. 行政机关可能直接结案

若和解内容已完全解决行政争议（如罚款金额调整、行为整改完成等），且符合《行政处罚法》《行政复议法》等程序要求，行政机关可依法作出《终止调查决定书》或《撤销立案决定书》，并书面通知双方当事人。
关键点：

• 和解协议需不违反法律强制性规定（如不得以和解规避行政处罚）；
  
• 需保障公共利益（如环保、安全等领域案件需确认整改到位）。

2. 行政机关可能将和解内容转化为行政决定

若和解涉及行政机关的裁量权（如罚款数额协商、整改期限延长等），行政机关可将和解内容作为行政决定的依据，出具《行政处理决定书》并明确双方权利义务。
典型场景：

• 税务机关与纳税人就补缴税款及滞纳金达成和解；
  
• 市场监管部门与商家就虚假宣传处罚达成和解。

3. 需通知单位的具体情形及方式

• 通知对象：若案件涉及单位（如企业、事业单位），行政机关通常需向单位送达《结案通知书》或《行政决定书》，并附和解协议副本。
  
• 通知方式：直接送达、邮寄送达或电子送达（需单位同意），并留存送达回证。
  
• 例外情形：若案件仅涉及个人，且单位非利害关系人，则无需通知单位。

4. 单位需注意的法律风险

• 和解协议效力：单位作为当事人时，需确保和解协议内容合法、自愿，避免因胁迫、欺诈导致协议无效；
  
• 后续履行义务：若和解协议涉及单位义务（如整改、缴费），单位需按期履行，否则行政机关可恢复立案程序；
  
• 内部合规审查：建议单位在签署和解协议前，由法务或律师审核协议条款，防范潜在法律风险。

5. 若对行政处理有异议的救济途径

若单位或个人认为行政机关的处理决定违法（如未依法通知、和解程序违法），可：

• 申请行政复议：自知道决定之日起60日内向复议机关提出；
  
• 提起行政诉讼：自知道决定之日起6个月内向法院起诉。

建议：若您或单位涉及行政立案和解，可提供具体案件类型（如环保、税务、市场监管等），我将进一步结合实务经验为您分析处理流程及注意事项。