房屋回购协议中违约金的计算方式，主要取决于协议中的具体约定以及法律规定的上限。以下分情况详细说明：

1. 协议有明确约定
   若回购协议中已明确约定了违约金的计算方式（例如按回购款的百分比、固定金额或日违约金等），则原则上应按照协议约定执行。但需注意，法律对违约金有上限限制：

   • 根据《民法典》第五百八十五条，若约定的违约金过分高于实际损失（通常指超过损失的30%），违约方可以请求法院或仲裁机构予以适当减少；
     
   • 若违约金低于实际损失，守约方可请求法院或仲裁机构增加至实际损失范围。
     举例：若协议约定违约金为回购款的20%，但实际损失仅为10%，法院可能将违约金调整为13%-15%。

2. 协议未约定或约定不明
   若协议未明确违约金计算方式，或约定模糊导致无法直接计算，则守约方需证明实际损失，违约金通常以实际损失为基础进行赔偿。此时需考虑：

   • 直接损失（如因违约导致的资金占用成本、交易机会丧失等）；
     
   • 间接损失（如房屋增值部分、重新交易产生的费用等，需证明与违约的因果关系）。
     举例：若因卖方拒绝回购导致买方需以更高价格重新购买同类房屋，差价部分可能被认定为实际损失。

3. 特殊情形下的调整

   • 不可抗力或情势变更：若违约因不可抗力（如自然灾害、政策调整等）或情势变更（如市场价格剧烈波动）导致，违约方可能部分或全部免除责任，但需及时通知对方并提供证明。
     
   • 双方过错：若守约方对违约发生也有过错（如未按时支付回购款），法院可能根据过错程度减轻违约方的赔偿责任。

建议：

1. 签订回购协议时，务必明确违约金计算方式（如“每日按回购款的0.1%支付违约金”），并约定“违约金不超过实际损失的30%”以避免争议；
   
2. 若发生违约，及时固定证据（如协议文本、沟通记录、损失凭证等），并通过协商或诉讼主张权利；
   
3. 违约金调整需以实际损失为基础，建议提前咨询律师评估损失范围及诉讼策略。
   

如有具体协议条款或案件细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况为您分析。