在执行阶段发现对方修改了重要证据，应当立即向执行法院提出书面异议，并同步收集证据证明对方存在篡改行为，必要时可申请司法鉴定或启动刑事控告程序。具体处理方式需结合证据类型、修改程度及对案件影响综合判断，以下分情况说明：

1. 立即向执行法院提出书面异议

根据《民事诉讼法》第232条（原第225条），当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可向执行法院提出书面异议。若发现对方修改证据直接影响执行依据（如判决书、调解书）的履行，应明确指出：

• 修改证据的具体内容（如合同条款、签名、日期等）；
• 修改行为如何影响执行标的（如减少债务金额、虚构抵押权等）；
• 要求法院中止执行或采取保全措施（如查封、冻结对方财产）。

示例：若对方在执行阶段提交的“还款协议”中私自添加了“债务已清偿”条款，可主张该协议系伪造，要求法院不予采信并继续执行原判决。

2. 申请司法鉴定或启动证据审查程序

若证据修改涉及专业性内容（如电子数据、笔迹、公章等），可申请法院委托鉴定机构进行：

• 笔迹鉴定（如签名是否伪造）；
• 文件形成时间鉴定（如合同是否事后补签）；
• 电子数据完整性鉴定（如微信聊天记录是否被篡改）。

根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第92条，单位向法院提出的证明材料，应由单位负责人及制作材料的人员签名盖章，并附说明。若对方提交的证据不符合形式要件，可直接质疑其真实性。

3. 追究对方伪造证据的法律责任

若修改证据行为构成犯罪，可同步向公安机关报案：

• 刑事责任：根据《刑法》第307条，以暴力、威胁、贿买等方法阻止证人作证或指使他人作伪证的，处3年以下有期徒刑或拘役；帮助当事人毁灭、伪造证据的，处3年以下有期徒刑或拘役（情节严重可升至7年）。
• 民事赔偿：若对方因伪造证据导致你遭受损失（如额外支付的利息、诉讼费等），可另案提起侵权之诉要求赔偿。

示例：对方在执行阶段伪造“以物抵债协议”，导致你错失拍卖房产的最佳时机，可主张对方赔偿房产差价损失。

4. 防范对方反诉“证据失权”

需注意，若你在诉讼阶段已持有该证据但未提交，执行阶段才主张对方修改，可能被对方反诉“未及时举证”。因此：

• 梳理证据链：证明你在诉讼阶段已尽合理审查义务（如对方曾口头承认债务、有其他佐证材料等）；
• 强调修改行为的隐蔽性：如对方通过技术手段篡改电子数据，普通当事人难以发现。

5. 特殊情形：执行依据本身被篡改

若发现执行依据（如判决书、调解书）被篡改（如伪造法院公章、篡改判决金额），应立即向作出生效文书的法院申请再审，并同步向公安机关报案。根据《民事诉讼法》第207条，原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的，法院应裁定再审。

行动建议：

1. 固定证据：对修改后的证据进行公证或通过其他方式固定（如截图、录音）；
2. 提交异议：在发现修改后15日内向执行法院提交书面异议；
3. 咨询律师：根据证据类型及案件复杂程度，委托律师协助起草异议书、申请鉴定或启动刑事程序。

如需进一步分析具体证据类型或案件细节，可直接向我咨询。