结论前置：在淘宝等网购合同中，约定只能在被告所在地起诉并不一定合法，具体取决于合同中的管辖条款是否符合法律规定。根据相关法律及司法解释，网购纠纷的管辖法院不仅限于被告所在地，还可以包括合同履行地、原告住所地（特定情况下）等其他有管辖权的法院。
一、网购合同纠纷的管辖原则
一般原则：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。这是处理合同纠纷案件的基本原则。
协议管辖：
- 网购合同中，双方可以协议选择管辖法院，但这种选择必须合法有效，且不得违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定。如果合同中明确约定了只能在被告所在地起诉，且该约定不违反法律规定，那么该约定是有效的。然而，如果约定过于苛刻或不合理，可能因显失公平而被认定为无效。
二、网购合同纠纷中的特殊管辖规定
消费者合同的特殊保护：
- 在网购等消费者合同中，如果双方没有特殊约定，消费者享有更多的选择权。根据相关法律及司法解释，消费者可以向原告住所地、合同履行地、被告住所地的法院提起诉讼。这意味着，即使合同中约定了只能在被告所在地起诉，如果这一约定剥夺了消费者的合理选择权，也可能被认定为无效。
合同履行地的认定：
- 在网购合同中，合同履行地的认定尤为重要。如果购买的是线上的电子课程、软件等通过网络直接交付的商品，买受人住所地为合同履行地。如果购买的是实体商品，如衣服、家电等，通过快递等方式交付，收货地为合同履行地。因此，在网购纠纷中，合同履行地往往成为确定管辖法院的关键因素。
三、实际应用中的建议
检查合同条款：
- 在发生网购纠纷时，首先应检查合同中是否有关于管辖法院的约定。如有约定且合法有效，则应向约定的法院提起诉讼。但需注意，如果约定过于苛刻或不合理，可能因显失公平而被认定为无效。
选择合适的管辖法院：
- 如无约定或约定无效，则可根据实际情况选择向原告住所地、合同履行地（买受人住所地或收货地）、被告住所地的法院提起诉讼。在选择管辖法院时，应综合考虑证据收集、诉讼成本、法院执行力度等因素。
保留证据材料：
- 在网购过程中，应保留好所有与交易相关的证据材料，如订单信息、支付记录、聊天记录、商品照片等。这些证据材料在诉讼过程中将起到至关重要的作用。
四、可能的法律后果
- 如果合同中的管辖条款被认定为无效，那么纠纷将按照法定管辖原则进行处理，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
- 如果消费者选择了不合适的管辖法院提起诉讼，可能会导致诉讼成本增加、诉讼周期延长等不利后果。因此，在选择管辖法院时，应谨慎考虑并咨询专业律师的意见。
总结：在淘宝等网购合同中，约定只能在被告所在地起诉并不一定合法。具体取决于合同中的管辖条款是否符合法律规定以及是否剥夺了消费者的合理选择权。在处理网购纠纷时，应首先检查合同条款，然后根据实际情况选择合适的管辖法院，并保留好所有与交易相关的证据材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。