法院在处理此类抚养权纠纷时，会以“子女最佳利益”为核心原则，综合评估父母行为对孩子受教育权的影响，并可能通过调解、判决变更抚养权或责令履行义务等方式保障孩子权益。具体分析如下：

1. 受教育权是法定权利，父母均不得侵犯

根据《中华人民共和国民法典》第1068条及《义务教育法》第5条，父母有义务保障子女接受义务教育，不得以任何理由阻碍。若母亲擅自为孩子请长假导致其辍学，可能构成对法定抚养义务的违反，法院会优先要求恢复孩子学业（如责令母亲配合学校复课）。

2. 抚养权归属的判定标准

若父母矛盾升级至离婚诉讼或抚养权争议，法院会从以下角度评估：

• 直接抚养人的行为能力：母亲的行为是否反映出其无法为孩子提供稳定的教育环境（如长期阻止上学、情绪化决策等）；
  
• 子女意愿：若孩子已满8周岁，法院会尊重其意愿（如孩子明确表示希望与父亲生活以继续学业）；
  
• 父母经济、教育条件：父亲是否能提供更有利于孩子接受教育的环境（如稳定的住所、学校资源等）；
  
• 家庭暴力或控制行为：若母亲的行为伴随其他控制或伤害（如限制孩子与父亲联系），可能成为变更抚养权的关键因素。

3. 法院可能的处理方式

• 调解优先：法院会先尝试调解，要求父母协商解决矛盾，并明确告知母亲阻碍孩子上学的法律后果，督促其配合复课；
  
• 判决变更抚养权：若母亲持续拒绝履行义务，且父亲条件更优，法院可能将抚养权判给父亲，并要求母亲支付抚养费；
  
• 行为保全措施：在紧急情况下（如孩子已长期辍学），法院可依据《民事诉讼法》第104条，裁定母亲立即停止阻碍行为，恢复孩子上学。

4. 父亲的救济途径

父亲可采取以下行动：

• 与学校沟通：要求学校出具孩子缺勤证明，作为母亲违约的证据；
  
• 向当地妇联或教育局求助：通过行政干预督促母亲履行义务；
  
• 提起诉讼：若矛盾无法调和，可向法院起诉要求变更抚养权或确认母亲行为违法。

温馨提示：孩子受教育权受法律严格保护，父母矛盾不应成为牺牲孩子未来的理由。若您需要进一步分析具体证据或诉讼策略，可随时向我提供更多细节，我会为您制定针对性方案。