档案被涂改在劳动仲裁中的裁决，主要取决于涂改的性质、内容以及对案件事实认定的影响，一般有以下几种处理情况：

1. 若涂改不影响关键事实认定：

   • 如果档案中的涂改并不涉及劳动合同的主要条款，如工资、工作时间、职位等，或者涂改部分对案件的关键事实认定没有实质性影响，那么劳动仲裁机构可能会忽略这些涂改，依据档案中的其他有效部分以及双方提供的证据来作出裁决。

2. 若涂改影响关键事实认定且能查明真相：

   • 如果涂改部分涉及劳动合同的关键条款，且劳动仲裁机构能够通过其他证据（如工资单、工作记录、双方陈述等）查明被涂改前的真实情况，那么仲裁机构会依据查明的事实来作出裁决。例如，如果工资被涂改，但有工资单或银行转账记录证明实际工资，那么仲裁机构会依据这些证据来确定工资数额。

3. 若涂改影响关键事实认定且无法查明真相：

   • 如果涂改部分涉及劳动合同的关键条款，且无法通过其他证据查明被涂改前的真实情况，那么这可能会对裁决产生不利影响。在这种情况下，劳动仲裁机构可能会根据双方提供的证据的证明力大小、举证责任分配等原则来作出裁决。如果用人单位无法证明涂改前的真实情况，且涂改部分对劳动者有利，那么仲裁机构可能会倾向于支持劳动者的主张。

4. 若涂改被认定为恶意或违法：

   • 如果档案中的涂改被认定为用人单位或劳动者的恶意行为，或者违反了相关法律法规的规定，那么劳动仲裁机构可能会对涂改方进行相应的处罚，如警告、罚款等，并在裁决中充分考虑这一因素。例如，如果用人单位恶意涂改劳动合同以逃避法律责任，那么仲裁机构可能会对用人单位进行处罚，并支持劳动者的合理主张。

法律建议：

• 对于劳动者：如果发现自己的档案被涂改，应立即收集相关证据，如工资单、工作记录、同事证言等，以证明被涂改前的真实情况。同时，及时向劳动仲裁机构提出申诉，维护自己的合法权益。
• 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规的规定，不得恶意涂改档案。如果确实需要修改档案中的内容，应与劳动者协商一致，并按照规定程序进行修改。否则，可能会面临法律责任和声誉损失。

可能后果：

• 如果档案被涂改且无法查明真相，可能会导致劳动仲裁机构无法作出公正裁决，从而损害一方的合法权益。
• 如果涂改被认定为恶意或违法，涂改方可能会面临法律责任和声誉损失，甚至可能影响其未来的招聘和用工。

在实际操作中，劳动仲裁机构会根据具体案件的情况和证据来综合判断档案涂改的性质和影响，并据此作出公正裁决。因此，如果你面临档案被涂改的问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。