结论：医疗器械工艺变更被罚后，能否退钱需视具体情况而定，主要取决于罚款的原因、合同条款以及是否存在可撤销或可变更合同的情形。以下从不同角度进行分析：
一、罚款原因与合同关系
因违反法规被罚：
- 如果医疗器械工艺变更违反了相关法律法规，导致被监管部门罚款，且该变更行为是在合同履行过程中发生的，那么罚款通常不会直接导致合同款项的退还。因为罚款是针对违法行为的行政处罚，与合同款项的支付是两个独立的法律关系。
- 例外情况：如果合同中明确约定了因违法变更导致的罚款应由哪一方承担，或者约定了因违法变更导致合同无法履行时的退款条款，那么可以根据合同约定来处理。
因合同违约被罚：
- 如果医疗器械工艺变更构成了对合同的违约，且合同中约定了违约责任包括罚款或赔偿，那么罚款或赔偿的支付通常不会直接导致合同款项的退还。但违约方可能需要按照合同约定支付违约金或赔偿金。
- 退款可能性：如果违约行为严重到导致合同无法履行或目的无法实现，非违约方有权解除合同，并可能要求违约方退还已支付的款项（扣除已履行部分对应的价款）。
二、合同条款的审查
- 退款条款：仔细审查合同中是否有关于退款的具体条款，包括退款的条件、程序、时间等。如果合同中有明确的退款条款，且符合退款条件，那么可以依据合同要求退款。
- 变更条款：检查合同中是否有关于工艺变更的条款，包括变更的程序、通知义务、后果承担等。如果变更行为违反了合同中的变更条款，且该条款与退款相关联，那么可能影响退款的请求。
三、可撤销或可变更合同的情形
- 欺诈、胁迫或重大误解：如果医疗器械工艺变更是在欺诈、胁迫或重大误解的情况下进行的，且这些情形影响了合同的签订或履行，那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销或变更合同。在合同被撤销或变更后，可能涉及款项的退还问题。
- 显失公平：如果合同因工艺变更而显失公平，即一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方也有权请求撤销或变更合同，并可能要求退款。
四、法律建议
- 收集证据：收集与医疗器械工艺变更、罚款、合同履行等相关的所有证据，包括合同文本、变更通知、罚款决定书、支付凭证等。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师，以获取更具体、更准确的法律意见。律师可以根据你的具体情况，分析合同条款、罚款原因、法律后果等，为你提供针对性的法律建议。
- 协商或诉讼：根据律师的建议，你可以尝试与对方协商解决退款问题。如果协商无果，你可以考虑通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自己的权益。
总结：医疗器械工艺变更被罚后能否退钱，需根据罚款原因、合同条款以及是否存在可撤销或可变更合同的情形来综合判断。在处理此类问题时，建议收集相关证据并咨询专业律师，以获取更具体、更准确的法律意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。