结论：医疗器械没有许可证且已被注销的情况下，行政机关仍可能对其进行罚款，但需结合具体违法情形、处罚时效及行政程序合法性综合判断。以下从法律适用、处罚时效、程序合法性三个维度展开分析：

一、法律适用：无证经营医疗器械的行政处罚依据

根据《医疗器械监督管理条例》（2021修订）第八十一条，经营未取得医疗器械注册证的第二类、第三类医疗器械，或未经许可从事第三类医疗器械经营活动的，由药品监督管理部门责令改正，没收违法所得、违法经营的医疗器械；违法经营的医疗器械货值金额不足1万元的，并处5万元以上15万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额15倍以上30倍以下罚款。
关键点：

1. 处罚对象为“经营行为”，而非“企业存续状态”。即使企业已注销，若其注销前存在无证经营行为，仍可追溯处罚；
   
2. 处罚依据是“无证经营”的违法事实，与“企业是否注销”无直接关联，但企业注销可能影响处罚执行（如罚款缴纳主体）。

二、处罚时效：行政处罚的追责期限

根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。
关键点：

1. 若企业无证经营行为发生在注销前，且在注销后二年内（或五年内，如涉及生命健康安全）被行政机关发现，仍可处罚；
   
2. 处罚时效从“违法行为发生之日”起算，而非“企业注销之日”。若企业长期无证经营，时效计算需结合具体经营时间节点。

三、程序合法性：企业注销后的处罚执行问题

若企业已注销，行政机关需解决两个程序问题：

1. 处罚主体资格：企业注销后，其法律主体资格消灭，罚款需向原股东、实际控制人等责任主体追缴（需结合公司法及行政处罚法关于“责任承继”的规定）；
   
2. 送达与执行：行政机关需通过公告送达等方式确保处罚决定送达原企业相关人员，并依法申请法院强制执行（如冻结股东个人财产等）。
   风险提示：若行政机关未依法履行上述程序，处罚决定可能因“主体不适格”或“程序违法”被撤销。

实务建议

1. 对行政机关：需严格审查违法行为发生时间、企业注销时间及处罚时效，确保程序合法；
   
2. 对原企业相关人员：若收到处罚决定，应核查：
   
   • 违法行为是否属实；
     
   • 处罚是否超过时效；
     
   • 行政程序是否合法（如送达方式、执行主体）。
     

如需进一步分析具体案情（如经营时间、货值金额、注销程序等），可直接向我提供细节，我将结合证据材料给出针对性法律意见。