迟到扣工资超过工资的20%，这里的“工资”通常指的是月工资，而非日工资。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与解释

1. 工资支付规定：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

2. 月工资与日工资的区别：

   • 月工资是指劳动者在一个月内应得的全部工资报酬，包括基本工资、奖金、津贴等。
   • 日工资则是月工资除以当月的工作日天数得出的平均每日工资。
   • 在计算迟到扣工资时，通常是以月工资为基数，按照一定比例进行扣除，而非以日工资为基数。

实际应用与案例分析

1. 实际应用：

   • 在实际操作中，用人单位在制定规章制度时，会明确规定迟到、早退等违纪行为的处罚措施，包括扣工资的比例和方式。
   • 这些规章制度通常会在劳动合同或员工手册中明确，并经过民主程序制定和公示，以确保其合法性和有效性。

2. 案例分析：

   • 假设某员工的月工资为5000元，根据用人单位的规章制度，迟到一次扣工资的20%。那么，该员工迟到一次将被扣除1000元（5000元 * 20%），而非基于日工资的计算。
   • 如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，用人单位需按照最低工资标准支付剩余工资。

注意事项与建议

1. 用人单位的规章制度：

   • 用人单位在制定规章制度时，应确保其合法性和合理性，避免过度扣除员工工资，损害员工权益。
   • 规章制度应经过民主程序制定和公示，以确保员工对其内容的知晓和认同。

2. 员工的权益保护：

   • 员工应了解自己的工资构成和扣除规定，确保用人单位的扣除行为符合法律法规和规章制度的要求。
   • 如对扣除行为有异议，员工可以与用人单位协商解决，或向劳动监察部门投诉举报。

3. 法律咨询与援助：

   • 如遇到复杂的工资扣除问题或用人单位的违法行为，员工可以寻求专业律师的法律咨询和援助，以维护自己的合法权益。

总结来说，迟到扣工资超过工资的20%，这里的“工资”指的是月工资。用人单位在制定规章制度时，应确保其合法性和合理性，并经过民主程序制定和公示。员工应了解自己的工资构成和扣除规定，如对扣除行为有异议，可以寻求法律咨询和援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。