核心结论：针对经协商同意耕地下埋设管道，回填后造成耕作层破坏的情况，可从协商解决、行政投诉、民事诉讼三个方向处理，以下为具体分析：

1. 协商解决

   • 法律依据：根据《民法典》中关于相邻关系及侵权责任的相关规定，双方在协商一致的情况下进行管道埋设，施工方有义务确保回填后耕作层恢复原状，不损害耕地正常使用功能。若造成破坏，施工方应承担修复责任。
   • 处理方式：首先，双方再次进行友好协商，明确耕作层破坏的具体情况，如破坏的面积、深度、对农作物生长的影响程度等。要求施工方制定详细的修复方案，包括修复的时间、使用的材料、修复后的验收标准等。例如，若破坏导致土壤肥力下降，施工方应采取增施有机肥、进行土壤改良等措施恢复肥力。
   • 注意事项：在协商过程中，要注意保留相关证据，如协商的记录、照片、视频等，以便在后续无法达成一致时作为维权依据。

2. 行政投诉

   • 投诉部门：如果协商无果，可以向当地的农业农村部门或自然资源部门进行投诉。农业农村部门负责耕地质量的保护和监督管理，自然资源部门负责土地资源的合理利用和保护。
   • 投诉内容：向相关部门详细说明管道埋设施工的情况、回填后耕作层破坏的事实，提供相关的证据材料，如协商记录、现场照片、耕地受损评估报告等。要求相关部门介入调查，责令施工方停止侵害行为，并对受损耕地进行修复。
   • 处理流程：相关部门在接到投诉后，会进行调查核实。如果情况属实，会依法对施工方作出相应的行政处罚，并监督施工方进行耕地修复。例如，可能会要求施工方限期整改，恢复耕地原状，并处以一定数额的罚款。

3. 民事诉讼

   • 起诉条件：若通过协商和行政投诉都无法解决问题，你可以向法院提起民事诉讼。起诉的条件包括有明确的被告（施工方）、具体的诉讼请求（如要求施工方修复耕地、赔偿损失等）、事实和理由（即管道埋设回填造成耕作层破坏的事实及相关法律依据）。
   • 诉讼流程：向有管辖权的法院提交起诉状和相关证据材料，法院受理后会安排开庭审理。在庭审过程中，你需要提供充分的证据证明施工方的侵权行为以及给你造成的损失。法院会根据事实和法律规定作出判决，要求施工方承担相应的法律责任。
   • 赔偿范围：赔偿范围包括耕地修复费用、因耕地受损导致的农作物减产损失、为恢复耕地生产所支出的合理费用等。例如，如果因耕地受损导致当年农作物绝收，施工方应赔偿相应的农作物产值损失。