破坏土地耕种层属于违法行为，需根据具体情节承担相应法律责任，具体处理方式如下：

1. 民事责任
   若破坏行为导致土地所有权人或使用权人遭受经济损失（如农作物减产、土地修复费用等），侵权人需承担赔偿损失责任。根据《民法典》第1229条，污染环境、破坏生态造成损害的，应承担侵权责任。赔偿范围包括直接损失（如农作物价值）和间接损失（如土地复垦费用）。

2. 行政责任
   根据《土地管理法》第75条，破坏耕地种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正或治理，可并处罚款（罚款标准为耕地开垦费的2倍以下）。若拒不履行，主管部门可代为治理，费用由违法者承担。例如，擅自挖砂、采石导致耕作层破坏的，需限期回填并恢复种植条件。

3. 刑事责任
   若破坏行为情节严重（如破坏基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上），可能构成《刑法》第342条非法占用农用地罪，处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。司法实践中，需结合破坏面积、耕作层损毁程度、是否导致土地无法耕种等综合判断。

处理流程建议：

1. 立即停止破坏行为，防止损失扩大；
   
2. 委托专业机构评估土地损毁程度及修复费用；
   
3. 与受损方协商赔偿，或配合行政机关调查；
   
4. 若涉及刑事犯罪，主动配合司法机关调查并争取从宽处理。
   

如有具体案件细节（如破坏方式、土地性质、面积等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性法律方案。