结论：小企业股东决议能否以90%以上同意通过，主要取决于公司章程的规定以及决议事项的性质。以下从不同角度进行详细分析：
公司章程的约定：
- 根据《公司法》及相关规定，公司章程是公司治理的基本准则，股东决议的通过比例通常可以在公司章程中自行约定。因此，如果公司章程明确规定了股东决议需要90%以上同意才能通过，那么这一规定是具有法律效力的，股东们应当遵守。
- 反之，如果公司章程没有特定规定，或者规定的是其他比例（如简单多数、三分之二多数等），则股东决议的通过比例应遵循公司章程的约定，而非必须达到90%。
决议事项的性质：
- 对于一些特别重要的事项，如修改公司章程、增加或减少注册资本、公司合并、分立、解散或变更公司形式等，根据《公司法》的规定，通常需要代表三分之二以上表决权的股东通过。这些事项因其对公司的影响重大，因此法律设定了较高的通过门槛。
- 对于其他一般性事项，如选举董事、监事，审议批准董事会、监事会的报告等，则可能根据公司章程的规定，以较低的比例（如简单多数）通过。
实际操作中的建议：
- 如果小企业希望股东决议能够以90%以上同意通过，首先应当检查公司章程中是否有相关规定。如果没有，可以考虑通过修改公司章程来明确这一要求。
- 在修改公司章程或制定股东决议时，建议充分征求所有股东的意见，确保决议内容能够得到广泛认可和支持，从而避免后续因决议通过比例问题而引发的纠纷。
- 如果股东之间对决议通过比例存在争议，可以寻求专业法律人士的帮助，通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
举例说明：
假设某小企业有10名股东，公司章程规定股东决议需要90%以上同意才能通过。在一次关于公司重大投资项目的决议中，有9名股东表示同意，1名股东反对。由于同意的股东比例达到了90%（即9/10），因此该决议可以顺利通过。反之，如果只有8名股东同意，则决议因未达到90%的同意比例而无法通过。
法律背景与建议：
- 股东决议的通过比例是公司治理中的重要环节，它直接关系到公司决策的效率和稳定性。因此，在制定或修改公司章程时，应当充分考虑公司的实际情况和股东的利益诉求，合理设定决议通过比例。
- 如果股东之间对决议通过比例存在分歧或争议，建议及时寻求专业法律人士的帮助，通过合法途径解决争议，以维护公司的正常运营和股东的合法权益。
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