当申请劳动关系仲裁不被受理时，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
明确不受理原因，并获取书面通知：
- 首先，要求劳动仲裁机构出具不予受理通知书，这是后续可能进行诉讼等程序的重要依据。仔细审查不受理的原因，比如是材料不齐、格式问题、管辖问题、时效问题，还是不属于受理范围等，以便针对性地解决问题。
根据不受理原因采取相应措施：
- 材料不齐或格式问题：若因材料不齐或申请书格式不符合要求，你应根据仲裁委的告知，补充相关证据材料，如工资条、工作证、考勤记录等，以证明与用人单位存在事实劳动关系。同时，修改和完善申请书内容，确保符合仲裁委的要求，然后重新提交仲裁申请。
- 管辖问题：如果向没有管辖权的劳动仲裁委员会申请了劳动仲裁，你应向有管辖权的仲裁委员会重新申请仲裁。一般来说，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。
- 时效问题：若仲裁申请已超过法律规定的时效，且不存在时效中断或中止的情形，劳动争议仲裁委员会将不予受理。此时，你需考虑通过其他合法途径寻求救济，但需注意这种途径可能相对有限。不过，在某些特殊情况下，如劳动者向有关部门投诉、向劳动争议调解组织申请调解等，可能会产生时效中断的效果，你可以根据具体情况进行判断。
- 不属于受理范围或其他不合法原因：若你的申请不属于劳动仲裁的受理范围，或因其他原因被不合法地拒绝受理，你可以在收到不予受理通知书之日起15日内，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
向法院提起诉讼的准备与流程：
- 在决定向法院提起诉讼前，确保已准备好起诉状、劳动仲裁申请书、不受理通知书及相关证据材料。起诉状需明确原被告信息、诉讼请求、事实与理由等内容，确保表述清晰、准确。
- 按照法院的要求进行举证、参加庭审等活动。在庭审过程中，你可以充分陈述自己的诉求和理由，并提供相关证据来支持自己的主张。通过法律途径维护自己的合法权益。
向上级劳动争议仲裁委员会反映情况：
- 如认为劳动仲裁机构的不受理决定存在不当之处，你可以向其上级主管部门提出申诉，请求进行监督和处理。在申诉时，应详细说明申请劳动仲裁的具体情况、仲裁委员会不予受理的理由以及你认为不合理的地方，并提供相关证据材料。促使原仲裁委重新审查案件受理情况。
寻求工会等组织的帮助：
- 工会等组织在协调劳动关系方面具有丰富的经验和资源，你可以向他们寻求帮助。他们可能会提供法律咨询、调解服务或者协助你与用人单位进行沟通协商，尝试在他们的协助下解决劳动纠纷。
在处理此类问题时，你还需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对劳动仲裁不被受理的情况，不要过于激动或采取过激行为。保持冷静和理性，依法维权是关键。
- 及时咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了一些建议，但每个案件的具体情况都有所不同。如果你对法律程序或自己的权益有疑问，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。
- 注意保留证据：在整个过程中，注意保留好与劳动关系和劳动争议相关的所有证据材料。这些证据将在后续的仲裁或诉讼中起到至关重要的作用。
希望以上建议能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。