结论：原配、丈夫与小三签订一次性补偿款和抚养费350万的协议，其合法性需结合具体情况分析，可能合法也可能存在违法风险。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议内容合法性分析
抚养费部分：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十五条，离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。抚养费的数额和支付方式可由双方协议约定。
- 合法性判断：若协议中约定的抚养费数额合理，且符合子女的实际需要和父母的负担能力，则该部分协议内容合法。若抚养费数额过高或过低，可能因显失公平或损害子女利益而被法院调整。
一次性补偿款部分：
- 法律性质：一次性补偿款通常涉及对小三的某种经济补偿或赔偿，其法律性质可能因具体情况而异，可能包括青春损失费、精神损害赔偿等。
- 合法性判断：
- 若补偿款基于合法关系：如双方存在某种合法的经济往来或合同关系，且补偿款是双方自愿协商的结果，则该部分协议内容可能合法。
- 若补偿款涉及非法关系：如双方存在婚外情等非法关系，且补偿款是对这种非法关系的经济补偿，则该部分协议内容可能因违反公序良俗而无效。
二、协议签订主体合法性分析
原配和丈夫作为共同签订方：
- 法律关系：原配和丈夫作为夫妻，共同与小三签订协议，可能涉及夫妻共同财产的处理或夫妻共同意志的表示。
- 合法性判断：若协议内容不涉及夫妻共同财产的非法处分，且双方均自愿签订，则该部分协议内容合法。但若协议内容损害了夫妻一方的合法权益，或涉及非法处分夫妻共同财产，则可能因违法而无效。
小三作为签订方：
- 法律地位：小三作为协议的一方，其签订协议的行为需基于自愿、平等和合法的原则。
- 合法性判断：若小三自愿签订协议，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，则该部分协议内容合法。但若小三是在受到胁迫、欺诈等情况下签订协议，则该部分协议内容可能因违法而无效。
三、可能存在的法律风险
- 协议无效风险：若协议内容违反法律法规的强制性规定或公序良俗，或签订协议时存在胁迫、欺诈等情形，则协议可能无效。
- 履行不能风险：若协议中约定的抚养费或补偿款数额过高，导致支付方无法履行，则可能引发履行不能的法律纠纷。
- 子女利益受损风险：若抚养费数额过低或支付方式不合理，可能损害子女的合法权益。
四、法律建议
- 谨慎签订协议：在签订此类协议前，建议咨询专业律师，确保协议内容合法、合理且符合各方利益。
- 明确协议条款：协议中应明确约定抚养费和补偿款的数额、支付方式、支付时间等具体条款，以避免后续纠纷。
- 考虑子女利益：在约定抚养费时，应充分考虑子女的实际需要和父母的负担能力，确保子女的合法权益得到保障。
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