利用假理疗师证件在医院承包科室的行为，属于非法行医与欺诈的双重违法行为，当事人可能面临行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿等多重法律后果。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》第九十九条，未取得医疗机构执业许可证擅自执业的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令停止执业活动，没收违法所得和药品、医疗器械，并处违法所得五倍以上二十倍以下的罚款，违法所得不足一万元的，按一万元计算。
   若当事人以虚假证件冒充理疗师，本质是无证行医，即使科室挂靠医院，仍可能被认定为“未取得执业许可擅自执业”，面临上述处罚。此外，若医院存在审核不严的过错，可能被责令限期改正、通报批评或罚款。

2. 刑事处罚层面
   若行为情节严重，可能构成《刑法》第三百三十六条的非法行医罪。根据司法解释，具有下列情形之一的，以非法行医罪定罪处罚：

   • 造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；
     
   • 造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；
     
   • 使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；
     
   • 非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；
     
   • 其他情节严重的情形。
     若当事人行为导致患者重伤、死亡或严重损害健康，可能面临三年以下有期徒刑、拘役或管制；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 民事赔偿层面
   根据《民法典》第一千二百一十八条，患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构或其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任。若当事人以虚假身份行医导致患者损害，医院可能因未尽到审核义务而承担连带责任。患者可要求赔偿医疗费、误工费、残疾赔偿金等损失。

4. 其他法律风险

   • 伪造证件罪：若假理疗师证件系伪造国家机关证件，可能触犯《刑法》第二百八十条，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金。
     
   • 合同无效风险：承包科室的合同因违反《基本医疗卫生与健康促进法》的强制性规定（如“医疗机构执业需取得许可”）而无效，当事人可能无法主张合同权利，已收取的费用可能被没收。

建议：若您或他人涉及此类行为，应立即停止非法执业，主动向卫生健康部门说明情况，配合调查。若已面临法律纠纷，需尽快委托律师分析证据、评估风险，制定辩护或赔偿方案。如有进一步问题，可直接向我咨询。