针对您提出的“医师出具虚假证明，医疗机构怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

医疗机构若涉及医师出具虚假证明的情况，将面临多方面的法律后果，这主要包括民事责任、行政责任以及可能的刑事责任。

一、民事责任

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果医疗机构或其医务人员在诊疗活动中因过错出具虚假证明文件，给患者或第三方造成损失，如错过最佳治疗时机、基于虚假证明作出错误决策导致经济损失等，医疗机构需承担相应的民事赔偿责任。这意味着，患者或受损方有权依法要求医疗机构赔偿其因此遭受的全部损失。

二、行政责任

1. 针对医疗机构：

   • 依据《医疗机构管理条例》，若医疗机构出具虚假证明文件，县级以上人民政府卫生行政部门将对其予以警告。
   • 若该行为造成了危害后果，如影响患者治疗、损害第三方权益等，卫生行政部门可对医疗机构处以1万元以上10万元以下的罚款。
   • 在严重情况下，卫生行政部门还有权吊销医疗机构的《医疗机构执业许可证》，使其失去合法开展医疗活动的资格。

2. 针对医务人员：

   • 根据《中华人民共和国医师法》，医师在执业活动中出具虚假医学证明文件的，将被责令改正，并给予警告。
   • 同时，医师的违法所得将被没收，并处以一万元以上三万元以下的罚款。
   • 若情节严重，如多次出具虚假证明、造成严重后果等，医师的执业活动将受到更严厉的限制，包括暂停六个月以上一年以下执业活动，直至吊销医师执业证书。

三、刑事责任

若医疗机构及其医务人员出具虚假证明文件的行为构成犯罪，如涉及刑事诉讼中的伪证罪、保险诈骗罪等，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯伪证罪者可能面临三年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。对于其他相关犯罪，也将根据具体情节给予相应的刑事处罚。

总结与建议：

医疗机构和医务人员必须严格遵守法律法规，秉持诚信原则，确保出具的每一份证明文件都真实可靠。对于任何违法违规行为，相关部门都将依法严惩，以维护患者的合法权益、医疗行业的公信力和社会秩序。因此，我建议您，若发现医疗机构或医师有出具虚假证明的行为，应及时向相关部门举报，以维护自身权益和社会公正。同时，医疗机构也应加强内部管理，提高医务人员的法律意识和职业道德水平，防止类似事件的发生。