三方协议中，两方签订的补充协议是否有效，需根据具体情况判断，并非一概而论。以下是对此问题的详细分析：
效力判定原则
三方共同意思表示原则：
- 三方协议涉及三方主体，其订立、变更等通常需要三方共同的意思表示一致。若只有两方签订补充协议，改变了原合同内容，未经第三方同意，该补充协议原则上不能对第三方产生约束力。
第三方追认原则：
- 如果第三方知晓并明确表示认可补充协议的内容，无论通过书面、口头还是其他积极行为，该补充协议即对三方均有效。例如，在三方合作开发项目合同中，两方就项目进度安排达成补充协议，第三方知悉后表示同意，则补充协议有效。
不损害第三方利益原则：
- 补充协议内容若不影响第三方权益，不改变其权利义务关系，且内容合法，则该补充协议在两方之间有效，无需第三方同意。比如，三方技术服务合同中，两方针对服务费用结算账户进行补充约定，不影响第三方权益，则此补充协议有效。
双方真实意思表示原则：
- 补充协议的签订应基于双方自愿，确保表达的是真实意思，无欺诈、胁迫等不良情况。
具体情形分析
得到第三方追认：
- 如上述合作开发项目合同的例子，若第三方同意补充协议内容，则补充协议对三方均有效。
未得到第三方追认：
- 例如，在甲乙丙三方房屋租赁合同中，甲、乙两方擅自就租金支付方式达成补充协议，丙不知情也未同意，则此补充协议仅对甲、乙有约束作用，对丙无效。
补充协议不涉及第三方权益：
- 如三方技术服务合同中关于服务费用结算账户的补充约定，若不影响第三方权益，则此补充协议有效。
内容合法且不损害第三方利益：
- 例如，在建筑工程三方合同中，两方关于工程进度款支付时间的合理调整，不违反法律且不损害第三方利益，则补充协议有效。
无效情况：
- 若补充协议内容影响第三方重要权利而未获其同意，则此补充协议对第三方无效。比如，股权转让三方合同中，两方关于股权转让价格及付款方式的补充协议，若影响第三方优先购买权等重要权利而未获其同意，则此补充协议对第三方无效。
签订补充协议的注意事项
采用书面形式：
- 确保补充协议的法律效力和证据效力，明确列出补充事项、具体条款、生效条件及期限等。
不与原合同冲突：
- 如补充协议与原合同冲突，以补充协议为准。但需注意，此原则需在遵循上述效力判定原则的前提下适用。
建议：在实际操作中，若需签订三方协议的两方补充协议，应谨慎评估并遵循相关法律法规，确保协议的合法性和有效性。若涉及第三方权益，最好事先征得第三方同意或确保补充协议内容不损害第三方利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。