运输合同印花税按年申报仍然是有效的。以下是对这一问题的详细解释：
一、印花税申报方式
印花税的申报方式并非一成不变，而是可以根据纳税人的实际情况和税务机关的要求进行选择。一般来说，印花税可以采用按次申报或按期（如按月、按季、按年）申报的方式。按年申报是其中一种合法的申报方式，只要纳税人按照规定的期限和要求进行申报，就是有效的。
二、运输合同印花税的申报
对于运输合同印花税，纳税人同样可以选择按年申报的方式。在选择按年申报时，纳税人需要注意以下几点：
申报期限：纳税人需要在每年规定的申报期限内，向税务机关报送印花税纳税申报表，并缴纳应纳税款。
申报内容：在申报时，纳税人需要准确填写运输合同的金额、税率等信息，以便税务机关计算应纳税额。
合规性：纳税人需要确保申报内容的真实性和准确性，避免出现漏报、错报等情况。否则，可能会面临税务机关的处罚。
三、按年申报的有效性
按年申报运输合同印花税的有效性主要取决于以下几点：
遵守税法规定：纳税人需要严格遵守税法规定，按照规定的期限和要求进行申报和缴纳税款。
税务机关认可：只要纳税人的申报方式符合税务机关的要求，且申报内容真实、准确，税务机关就会认可其按年申报的有效性。
避免税务风险：通过按年申报，纳税人可以更好地规划和管理自己的税务事务，避免因为申报不及时或申报不准确而引发的税务风险。
四、建议与注意事项
了解当地政策：由于不同地区的税务政策可能存在差异，纳税人在选择按年申报运输合同印花税前，最好先了解当地的税务政策，确保自己的申报方式符合当地要求。
保留相关凭证：纳税人需要妥善保管与运输合同相关的凭证和资料，如合同文本、发票等，以备税务机关查验。
及时咨询税务机关：如果纳税人在申报过程中遇到任何问题或疑问，可以及时向税务机关咨询，以确保自己的申报工作顺利进行。
如果您在运输合同印花税申报方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。