同时存在买卖合同、运输合同和建筑施工合同的情况下，印花税应分别按照各自适用的税目和税率进行申报缴纳。具体分析如下：

1. 买卖合同：根据《中华人民共和国印花税法》及《印花税税目税率表》，买卖合同（指动产买卖合同，不包括个人书立的动产买卖合同）按照价款的万分之三贴花，即税率为0.03%。申报时，需根据合同上载明的金额计算应纳税额。

2. 运输合同：运输合同同样依据《印花税税目税率表》，其税率为运输费用的万分之三，即0.03%。这包括各类运输方式签订的合同，如公路、铁路、航空等。申报时，依据运输合同中约定的运费金额作为计税依据。

3. 建筑施工合同：对于建筑施工合同，根据相关规定，其税率为合同所载金额的万分之三，即0.03%。但需注意，若建筑施工合同中包含设备供应及安装等条款，且设备价值占合同总金额较大比例时，可能需根据具体情况拆分合同金额，分别按照买卖合同和建筑施工合同的税率计算印花税。不过，在大多数情况下，建筑施工合同直接按合同总金额的0.03%计税。

申报流程：

• 确定计税依据：根据上述各类合同的性质和金额，分别确定各自的计税依据。
• 计算应纳税额：按照各自适用的税率计算应纳税额。
• 填写申报表：在申报印花税时，需在税务申报表中分别填写买卖合同、运输合同和建筑施工合同的计税依据和应纳税额。
• 缴纳税款：根据计算出的应纳税额，按时缴纳印花税。

注意事项：

• 合同金额的准确性：确保合同上载明的金额准确无误，以免因金额错误导致计税依据不准确。
• 税率的适用性：注意各类合同适用的税率可能因政策调整而发生变化，申报前需确认最新税率。
• 申报时限：按照税法规定的时间节点进行申报和缴纳，避免逾期产生滞纳金或罚款。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。