农业合作社存放农机具库房是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 若库房建设符合土地利用规划和用途管制：

   • 农业合作社作为农村集体经济组织的一种形式，其经营活动通常与农业生产紧密相关。存放农机具是农业生产活动的一部分，因此，如果库房的建设符合当地的土地利用规划，且土地用途为农业用地或符合相关规定的建设用地，那么存放农机具的库房是合法的。
   • 具体来说，这包括库房是否建在农业用地上但符合农业设施用地的相关规定，或者是否通过合法的土地用途变更手续获得了建设用地的使用权。

2. 若库房建设违反土地利用规划或用途管制：

   • 如果库房建设在未经批准的非农业用地上，或者虽然建在农业用地上但未按照农业设施用地的相关规定进行建设和使用，那么这种行为可能是违法的。
   • 例如，未经批准擅自改变土地用途，将农业用地用于非农业建设（如建设库房用于存放农机具但未办理相关手续），就可能违反土地管理法规，面临被责令拆除、罚款等法律后果。

3. 其他相关因素：

   • 除了土地利用规划和用途管制外，库房的建设和使用还需要符合其他相关法律法规的规定，如建筑安全、消防安全、环境保护等。
   • 如果库房的建设或使用违反了这些规定，也可能面临相应的法律责任。

法律建议：

• 农业合作社在建设存放农机具的库房前，应先了解当地的土地利用规划和用途管制要求，确保库房的建设符合相关规定。
• 如果需要改变土地用途或进行建设，应依法办理相关手续，获得必要的批准和许可。
• 在库房的建设和使用过程中，应遵守建筑安全、消防安全、环境保护等相关法律法规的规定，确保库房的安全和合规性。

可能后果：

• 如果库房建设合法且符合相关规定，那么农业合作社可以正常使用库房存放农机具，无需担心法律后果。
• 如果库房建设违法或不符合相关规定，农业合作社可能面临被责令拆除、罚款等法律后果，甚至可能影响其正常经营活动。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。