金融公司能否起诉需分情况讨论，关键在于车辆合格证缺失是否构成合同违约或侵权，以及金融公司是否因此遭受实际损失。以下是具体分析：

1. 若购车合同明确约定车辆合格证交付义务，且合格证缺失导致金融公司无法办理抵押登记或车辆无法正常使用
   根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。

   • 金融公司可起诉经销商：若合格证缺失是因经销商未履行交付义务（如将合格证抵押给银行导致无法解押），金融公司可依据购车合同起诉经销商，要求交付合格证或赔偿损失（如车辆贬值、无法运营的收益损失等）。
     
   • 金融公司可起诉借款人：若借款人明知合格证缺失仍签署贷款合同，且车辆因无合格证无法办理抵押登记，导致金融公司抵押权落空，金融公司可依据贷款合同起诉借款人，要求提前还款或承担违约责任。

2. 若车辆合格证缺失是因生产厂家原因（如未随车交付）
   根据《民法典》第615条，出卖人应当按照约定的质量要求交付标的物。若车辆本身存在质量瑕疵（如无合格证），金融公司作为贷款方虽非直接买受人，但若因车辆无法正常使用导致借款人违约（如停运无法还款），金融公司可间接主张权利：

   • 起诉经销商或厂家：要求其承担产品质量责任，赔偿因车辆无法使用导致的借款人违约损失（需证明因果关系）。
     
   • 依据贷款合同起诉借款人：若借款人以“车辆无合格证无法使用”为由拒不还款，金融公司需证明借款人存在主观恶意（如故意隐瞒合格证问题），否则可能面临借款人抗辩。

3. 若金融公司已办理抵押登记，但合格证缺失不影响抵押权效力
   根据《民法典》第395条，正在建造的建筑物、船舶、航空器以外的交通运输工具可抵押，且抵押权自登记时设立。若金融公司已通过其他方式（如车辆大架号）完成抵押登记，即使无合格证，抵押权仍有效，金融公司可优先受偿。此时起诉借款人主张还款即可，无需单独因合格证问题起诉。

建议行动：

• 金融公司应首先核查购车合同、贷款合同中关于车辆交付及合格证的约定；
  
• 联系经销商或厂家确认合格证缺失原因，要求限期交付；
  
• 若协商无果，根据合同相对性原则，选择起诉经销商（违约之诉）或借款人（贷款合同纠纷）；
  
• 保留车辆无法使用、借款人违约等证据，以证明实际损失。
  

如有进一步细节（如合同条款、合格证缺失原因等），可向我补充说明，我会为您细化分析。