公司分支机构之间一般不能自行转运危废，除非符合相关法律法规的特别规定并获得相应许可。以下从多个角度对此问题进行分析：

一、法律法规的严格限制

根据《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》等相关法律法规，危险废物的转移、处置等环节均受到严格监管。公司分支机构作为独立的经营实体（尽管可能不具有独立法人资格），在转运危废时，必须遵守国家关于危险废物管理的相关规定。这些规定通常要求转运危废必须获得相关环保部门的批准，并按照规定的路线、时间、方式等进行转运，以确保危废在转运过程中不会对环境造成污染。

二、转运危废的许可要求

1. 申请许可：公司分支机构在转运危废前，必须向当地环保部门申请并获得危险废物转移许可。这一许可过程通常包括提交转运计划、应急预案、接收单位资质证明等材料，并经过环保部门的审核批准。

2. 合规转运：获得许可后，公司分支机构必须按照许可的内容进行转运，包括使用符合规定的运输工具、采取必要的防护措施、按照规定的路线和时间进行转运等。

三、自行转运危废的法律风险

1. 行政处罚：如果公司分支机构未经许可自行转运危废，或者转运过程中违反相关法律法规的规定，将面临环保部门的行政处罚，包括罚款、责令改正、停产整顿等。

2. 刑事责任：在严重情况下，如转运过程中发生危废泄漏、污染环境等事故，相关责任人员还可能承担刑事责任，如污染环境罪等。

四、合规建议

1. 加强内部管理：公司应建立健全内部危废管理制度，明确各分支机构在危废管理中的职责和权限，确保危废的转运、处置等环节符合法律法规的要求。

2. 申请必要许可：如果公司分支机构确实需要转运危废，应提前向当地环保部门申请并获得必要的许可，确保转运活动的合法性和合规性。

3. 加强培训和教育：公司应加强对员工的环保法律法规培训和教育，提高员工的环保意识和法律意识，确保员工在危废管理中能够遵守相关法律法规的规定。

4. 建立应急预案：公司应建立危废转运应急预案，明确在转运过程中发生事故时的应急处理措施和责任分工，以最大限度地减少事故对环境和人体的危害。

如果您在公司分支机构转运危废方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和解决方案。