在建设工程领域，当初设（初步设计）和施工图设计不是由同一个单位完成时，是可以收取设计协调费的，但具体是否收取及收取的标准需依据合同约定、行业惯例及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

合同约定角度

1. 合同有明确约定：如果建设单位与初设单位、施工图设计单位之间的合同中明确约定了设计协调费的支付条款，比如约定了设计协调费的具体金额、支付条件、支付方式等，那么各方应当按照合同约定执行。这种情况下，收取设计协调费具有明确的合同依据，各方都应遵守。
2. 合同未明确约定：若合同中没有对设计协调费进行明确约定，那么是否收取以及如何收取就需要进一步结合行业惯例和实际情况来判断。此时，各方可以通过协商的方式达成补充协议，明确设计协调费的支付事宜。

行业惯例角度

在建设工程行业中，当初设和施工图设计由不同单位完成时，为了确保设计工作的顺利进行、各设计阶段之间的有效衔接以及设计成果的质量，通常会由初设单位或者建设单位指定的单位承担设计协调工作，并收取一定的设计协调费。这种做法在行业内较为普遍，被视为一种合理的费用支出。然而，行业惯例并非具有强制性的法律规定，如果各方对是否收取设计协调费存在争议，还是需要以合同约定为准。

法律法规角度

目前，我国并没有专门的法律法规对设计协调费的收取进行明确规定。但是，根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的相关规定，合同双方当事人应当遵循公平原则确定各方的权利和义务。如果设计协调工作确实增加了相关单位的工作量和成本，且这种增加是合理的、必要的，那么收取设计协调费并不违反法律法规的规定。

实际操作建议

1. 在签订合同时：建设单位、初设单位和施工图设计单位应当在合同中明确设计协调费的支付条款，包括费用的金额、支付时间、支付方式等，以避免后期产生纠纷。
2. 在发生争议时：如果各方对设计协调费的收取存在争议，首先应当通过协商的方式解决；协商不成的，可以考虑通过调解、仲裁或者诉讼等法律途径解决。在处理争议时，应当注重收集和保留相关证据，如合同文件、设计协调工作的记录、沟通邮件等，以证明自己的主张。

举例说明：假设一个大型商业综合体项目，初设由A设计院完成，施工图设计由B设计院完成。建设单位在与A、B设计院签订合同时，明确约定了由A设计院负责设计协调工作，并按照项目总设计费的5%收取设计协调费。在项目实施过程中，A设计院按照合同约定开展了设计协调工作，确保了初设和施工图设计之间的有效衔接。项目完成后，建设单位按照合同约定向A设计院支付了设计协调费。这个例子就体现了合同约定在设计协调费收取中的重要作用。

总之，当初设和施工图设计不是由同一个单位完成时，是否收取设计协调费需要综合考虑合同约定、行业惯例和法律法规等因素。如果你在这方面还有疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。