迟到是否该扣全勤奖，主要取决于劳动合同、员工手册或其他书面文件中的具体约定，以及这些约定是否合理且符合法律法规。以下从多个角度进行分析：
合同与规章制度有明确约定：
- 解释：如果员工与用人单位在劳动合同、员工手册或其他书面文件中明确规定了迟到属于影响全勤的情形，且全勤奖的发放条件包含全月无迟到等要求，那么该约定在不违反法律法规强制性规定的前提下是有效的。例如，员工手册中明确规定“当月出现任何迟到、早退、旷工情况的，不发放全勤奖”，此时用人单位扣除全勤奖具有明确依据。
- 举例：假设某公司员工手册中明确规定了全勤奖的发放条件为全月无迟到、早退、旷工记录，且该手册已经过职工代表大会讨论通过并公示。若某员工当月迟到一次，则根据规定，用人单位有权扣除其全勤奖。
合同与规章制度约定不明确或不合理：
- 解释：若合同等文件对全勤奖的定义、发放条件，特别是迟到与全勤奖的关系没有清晰界定，或者规定的迟到扣全勤奖标准过于苛刻（如迟到一分钟即扣除全勤奖），用人单位则不能随意以迟到为由扣除全勤奖。
- 举例：若某公司仅简单提及全勤奖而未说明迟到对其的影响，或者规定“迟到超过五分钟即扣除全勤奖，无论迟到原因”，这样的规定可能因缺乏合理性而不被法律支持。员工在面临此类扣奖情况时，有权提出质疑并维护自身权益。
法律法规的角度：
- 解释：法律层面上并未对全勤奖作出强制性要求，它属于用人单位自主管理和薪酬福利分配的范畴。但用人单位在制定和执行全勤奖制度时，必须遵循公平合理、诚实信用原则，确保制度的公正性和合理性。不能滥用扣奖权力，如故意设置不合理的考勤考核标准或恶意刁难员工。
- 法律依据：虽然《劳动合同法》和《劳动法》未明确规定全勤奖的具体计算方式，但用人单位在制定规章制度时，必须遵守国家法律法规，不得任意克扣员工工资。同时，规章制度的内容不得违反国家法律法规的规定，且应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
员工权益保护与建议：
- 沟通协商：如果员工认为用人单位扣除全勤奖的做法不合理或不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣奖依据。
- 投诉与仲裁：若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 预防建议：员工在入职时应仔细阅读劳动合同和员工手册，了解全勤奖的发放条件和扣奖规定。同时，遵守公司规章制度，避免迟到等违规行为的发生。
总结：迟到是否扣全勤奖是一个涉及合同约定、规章制度合理性和法律法规的问题。用人单位在制定相关制度时应确保规定的合理性和合法性，而员工在面临扣奖情况时也应积极了解自己的权益并采取相应措施进行维权。通过双方的沟通和协商，以及必要的法律途径，可以有效解决因迟到引发的全勤奖争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。