结论：在甲方收购股份的情境下，若提及“乙方欠的工程款扣掉”，这通常意味着在股份收购的交易安排中，甲方可能要求从应支付给乙方的股份收购款中扣除乙方所欠的工程款。这种安排可能基于多种原因，包括但不限于债务抵销、交易对价的调整或作为收购条件的一部分。
详细分析：
债务抵销：
- 如果乙方确实欠有工程款，并且这一债务是明确且无争议的，甲方可能提出在股份收购款中直接扣除这部分欠款，以实现债务的抵销。这种做法在法律上是可行的，但需要确保双方对债务的存在和金额没有异议，并且符合相关法律法规的规定，如《中华人民共和国民法典》中关于债务抵销的规定。
交易对价的调整：
- 股份收购的对价通常是根据目标公司的价值、资产、负债等多方面因素综合确定的。如果乙方欠有工程款，这可能被视为目标公司的一项负债，从而影响其整体价值。因此，甲方可能要求从收购对价中扣除这部分负债，以反映目标公司的真实价值。
作为收购条件的一部分：
- 在股份收购协议中，双方可以约定各种条件，包括支付方式、支付时间、以及是否涉及债务的处理等。如果甲方将扣除乙方欠的工程款作为收购条件之一，乙方需要接受这一条件才能完成股份的转让。这种安排需要明确写入收购协议中，并确保双方对协议条款的理解一致。
法律建议：
- 明确债务情况：在进行股份收购前，甲方应详细了解乙方所欠工程款的具体情况，包括债务金额、债权人、债务期限等，以确保扣除的合法性和合理性。
- 协商并签订协议：双方应就扣除工程款的事宜进行充分协商，并签订书面协议明确各自的权利和义务。协议中应详细规定扣除的金额、方式、时间等关键条款。
- 遵守法律法规：在进行债务抵销或交易对价调整时，双方应确保遵守相关法律法规的规定，如债务抵销的合法性、交易对价的公平性等。
- 考虑税务影响：扣除工程款可能涉及税务方面的问题，如增值税、所得税等。双方应咨询专业税务人士的意见，确保税务处理的合规性。
可能后果：
- 如果双方未能就扣除工程款的事宜达成一致，或者扣除行为违反了相关法律法规的规定，可能导致股份收购协议的无效或部分无效。
- 如果扣除行为引发了法律纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决争议，这将增加交易成本和时间成本。
如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。