总承包对施工单位的违章作业进行处罚，主要依据合同约定以及相关法律法规的规定。以下从这两个方面进行详细阐述：

一、合同依据

在建设工程施工合同中，通常会明确约定施工单位应遵守的安全生产规范、工程质量标准以及工期要求等。若施工单位在作业过程中违反这些约定，总承包方有权依据合同条款对其进行处罚。

1. 安全生产规范：合同中应明确施工单位的安全管理责任，包括制定安全管理制度、配备安全管理人员、落实安全防护措施等。若施工单位未履行这些责任，导致发生安全事故或存在安全隐患，总承包方可以依据合同约定处以罚款，并要求施工单位承担事故处理及整改费用。

2. 工程质量标准：合同中应明确工程质量的具体标准，如材料质量、施工工艺、验收标准等。若施工单位在作业过程中偷工减料、使用不合格材料或违反设计图纸施工，导致工程质量不符合约定标准，总承包方有权扣除工程款或要求施工单位返工，并可能依据合同约定处以罚款。

3. 工期要求：合同中应明确工程的竣工日期及关键节点。若施工单位未按期完成工程任务，导致工期延误，总承包方可以依据合同条款处以违约金。违约金的数额或计算方式通常会在合同中详细列明。

二、法律法规依据

除了合同约定外，总承包方对施工单位的违章作业进行处罚还有法律法规的依据。

1. 《中华人民共和国建筑法》：

   • 该法规定，施工单位应当依法取得相应等级的资质证书，并在其资质等级许可的范围内承揽工程。若施工单位超越资质等级承揽工程或违法分包，总承包方可以责令其停止违法行为，并协助相关部门依法进行处罚。
   • 同时，该法还规定了施工单位在安全生产方面的责任，包括制定安全措施、消除事故隐患等。若施工单位未履行这些责任，导致发生安全事故，总承包方可以依据法律规定要求其承担相应的法律责任。

2. 《建设工程质量管理条例》：

   • 该条例规定，施工单位对建设工程的施工质量负责。若施工单位在施工中偷工减料、使用不合格材料或违反设计图纸施工，导致工程质量不符合规定标准的，总承包方除要求其整改外，还可以依据条例处以罚款。
   • 此外，该条例还规定了施工单位在质量保修方面的责任。若施工单位未履行质量保修义务，总承包方有权要求其承担赔偿责任，并可依据条例进行处罚。

3. 《建设工程安全生产管理条例》：

   • 该条例规定，施工单位应当建立健全安全生产责任制度和安全生产教育培训制度，制定安全生产规章制度和操作规程。若施工单位未履行这些责任，导致发生安全事故或存在安全隐患的，总承包方可以责令其限期改正；逾期未改正的，可以协助相关部门依法进行处罚。

三、实际操作建议

在实际操作中，总承包方对施工单位的违章作业进行处罚时，应注意以下几点：

1. 确保处罚有依据：处罚应基于明确的合同约定或法律法规规定，避免随意处罚或滥用权力。

2. 及时沟通与整改：在发现施工单位存在违章作业行为时，总承包方应及时与其沟通，指出问题所在，并要求其立即整改。若施工单位拒不整改或整改不到位，再考虑进行处罚。

3. 保留证据：在处罚过程中，总承包方应保留相关证据，如违章作业的照片、视频、检测报告等，以便在需要时证明处罚的合法性和合理性。

4. 遵循程序：处罚应遵循一定的程序，如发出整改通知、进行听证、作出处罚决定等。确保处罚过程的公正性和透明性。

总结来说，总承包对施工单位的违章作业进行处罚，应基于合同约定和法律法规的规定，确保处罚的合法性和合理性。在实际操作中，总承包方应加强与施工单位的沟通与合作，共同促进工程项目的顺利进行和质量的达标。若您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。