承包协议超过20年的后果不能一概而论，需根据具体的合同类型、法律规定及实际情况来综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般情况下的法律后果
合同期限限制：
- 在一般的法律原则下，承包合同的期限通常不得超过20年，这是为了维护资源的合理利用和经济秩序的稳定。若承包协议约定的期限超过20年，超出部分可能被视为无效，即超出20年的部分不具有法律约束力。
无效后果：
- 若承包协议超出20年的部分被认定为无效，那么双方当事人之间的权利义务关系将按照有效部分（即20年内）的约定来履行。对于超出部分，双方可能无法依据原协议主张权利或履行义务。
二、特殊情况下的法律后果
土地承包合同：
- 耕地承包：依据《农村土地承包法》，耕地的承包期为30年，草地为30年至50年，林地为30年至70年，且到期后还可依法延长。因此，对于耕地承包合同而言，其期限并非以20年为限，超出20年的部分仍然有效。
- 其他方式承包：通过招标、拍卖等方式承包的农村土地，其承包期限可由双方协商确定，可能超过20年且有效。这种情况下，承包协议超过20年不会产生无效的法律后果。
历史遗留问题：
- 在特定历史时期（如1998年12月31日前）签订的承包合同，即使期限超过20年，也可能因历史原因继续有效。这种情况下，需要具体分析合同签订时的历史背景和法律规定，以确定合同的效力。
双方明确约定：
- 只要双方当事人在签订合同时明确约定了超过20年的期限，且不违反法律法规的强制性规定，该合同在约定期限内有效。这种情况下，承包协议超过20年不会产生无效的法律后果，双方应按照约定履行义务。
三、实际履行情况的影响
- 如果承包协议在20年期限届满后，双方当事人仍继续履行，且这种履行符合法律规定的条件（如基于双方真实意思表示、未违反法律法规等），那么这种实际履行行为可以视为对原合同的延续。但为了明确权利义务，避免未来产生法律纠纷，建议双方重新签订合同或签订补充协议以确认延续的期限和条件。
四、法律建议
审查合同类型：
- 在签订承包协议前，应仔细审查合同类型，了解相关法律规定对合同期限的限制。对于特殊类型的承包合同（如土地承包合同），应特别注意其期限的特殊规定。
明确约定期限：
- 在签订承包协议时，双方应明确约定合同期限，并考虑可能的续签或变更情况。若预计合同期限可能超过20年，应在合同中明确约定并确保不违反法律法规的强制性规定。
及时咨询法律意见：
- 对于涉及复杂法律问题的承包协议，建议及时向我咨询法律意见。我可以根据具体情况提供专业的法律分析和建议，帮助双方确保合同的合法性和有效性。
综上所述，承包协议超过20年的后果需根据具体情况进行综合判断。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，并充分考虑合同类型、历史背景及实际履行情况等多种因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。