结论：劳务班组的项目负责人对工人签结算单，法院让总包单位支付是否合法，这并非一个绝对合法或非法的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下从几个关键角度进行分析：
项目负责人的代理权限：
- 如果劳务班组的项目负责人被总包单位明确授权，可以代表总包单位与工人进行结算，并签署结算单，那么这种行为在法律上是被认可的。此时，法院根据结算单判决总包单位支付相关款项是合法的。
- 如果项目负责人没有得到总包单位的明确授权，或者其代理权限已经过期、被撤销，那么他签署的结算单可能对总包单位不产生法律效力。在这种情况下，法院判决总包单位支付可能缺乏法律依据。
结算单的效力：
- 结算单作为双方结算的凭证，其效力取决于签署双方的真实意愿和合法性。如果结算单是在双方自愿、平等、公平的基础上签署的，且内容合法、明确，那么它具有法律效力。
- 如果结算单存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者内容违法、不明确，那么它可能被视为无效或可撤销的合同。在这种情况下，法院判决总包单位支付可能基于无效或可撤销的结算单，这是不合法的。
总包单位的责任：
- 总包单位作为工程的主要承包方，对劳务班组的工作和支付负有监督和管理责任。如果总包单位未能有效监督劳务班组的项目负责人，导致项目负责人滥用职权或签署不合理的结算单，总包单位可能需要承担一定的法律责任。
- 然而，如果总包单位已经尽到了合理的监督和管理责任，且项目负责人的行为超出了其代理权限或违反了法律规定，那么总包单位可能不需要承担支付责任。
法律建议：
- 对于总包单位来说，为了避免类似的法律纠纷，应该明确项目负责人的代理权限和职责范围，并加强对项目负责人的监督和管理。同时，在签署结算单时，应该确保结算单的内容合法、明确，并经过双方充分协商和确认。
- 对于工人来说，如果与劳务班组的项目负责人签署了结算单，但担心其法律效力或总包单位的支付能力，可以咨询专业律师或相关机构，了解自己的权益和可能的法律途径。
可能法律后果：
- 如果法院判决总包单位支付相关款项，而总包单位拒绝支付或无力支付，可能会面临法律强制执行、信用受损等后果。
- 如果结算单被认定为无效或可撤销，工人可能需要通过其他法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
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