总包跟班组签协议是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
劳务分包性质：
- 当总包与班组签订的合同实质为劳务分包合同时，若班组具备相应的劳务作业资质，且合同内容（如劳务报酬支付、劳动安全保障等）合法合规，则该合同是合法的。
- 在这种情况下，总包仍需承担提供建筑设备材料、负责工程技术和质量、对施工进行管理、与发包人结算工程价款等总承包人的义务。
建设单位同意：
- 如果总承包合同中已有约定或事后取得建设单位的书面同意，总包可以将部分非主体结构的工程分包给班组。
- 只要分包行为本身不违反法律规定，所签合同也是合法有效的。
违法情形
违法分包：
- 若班组不具备相应资质条件，总包与其签订合同将工程分包给对方，则构成违法分包。
- 根据相关法律法规，禁止将工程分包给不具备资质的单位，违法分包的合同会被认定无效，并可能面临行政处罚。
主体结构分包：
- 建筑工程主体结构的施工必须由总承包单位自行完成，不得分包给班组或其他单位。
- 总包将主体结构分包给班组的合同是违法且无效的。
转包行为：
- 如果总包与班组签订的协议，实际上是将承包的全部建设工程转给班组，或者将其承包的全部建设工程肢解以后以分包的名义分别转给班组，且总包不履行合同约定的责任和义务，则构成转包行为，合同无效。
建议
- 在签订协议前，总包应仔细审查班组的资质条件，确保班组具备相应的劳务作业资质。
- 协议内容应详细列明双方的权利义务，特别是关于安全生产、劳务报酬支付等方面的条款，以确保合法合规。
- 如有可能，建议总包在签订协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性，并降低潜在的法律风险。
综上所述，总包跟班组签协议的合法性需根据具体情况来判断。在确保一切合法合规的前提下，双方可签订有效协议并明确各自的权利义务，以保障建筑工程的顺利进行和双方权益的实现。