在应当盖公章的地方盖了合同章，一般情况下合同仍然有效，但可能存在效力瑕疵或引发特定法律风险，具体需分情况讨论：

1. 合同章与公章具有同等法律效力时的情形
   若合同章已依法备案且公司明确授权其用于签订合同（例如公司章程或内部制度中规定“合同章与公章具有同等效力”），则盖合同章的合同通常被认定为有效。此时，合同章的效力等同于公章，不会因用章类型影响合同成立或履行。
   法律依据：根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。此处“盖章”未限定为公章，合同章作为专用章，若符合公司授权范围，同样满足形式要件。

2. 合同章效力受限时的情形
   若公司内部规定合同章仅限特定类型合同使用（如仅用于销售合同，不得用于担保合同），或合同内容超出合同章授权范围（如涉及重大资产处置、对外担保等需公章或法定代表人签字的事项），则可能因“越权用章”导致合同效力存疑。此时需结合以下因素判断：

   • 相对人是否善意：若合同相对方不知且不应知公司用章限制（如合同章外观无特殊标识），可能适用“表见代理”规则，认定合同有效；
     
   • 公司是否追认：若公司事后以行为或明示方式认可合同效力（如履行合同义务），则合同有效；
     
   • 合同内容合法性：若合同内容本身违法（如赌博合同），则无论用章类型，合同均无效。
     风险提示：若合同因用章问题被认定无效或可撤销，公司可能需承担返还财产、赔偿损失等民事责任，甚至因“越权担保”等情形对债权人承担连带责任。

3. 实务建议

   • 对内管理：公司应明确合同章与公章的使用范围，通过内部制度或授权文件固定用章规则，避免越权用章；
     
   • 对外交易：签订合同时，可要求对方提供用章授权文件，或通过企业信用信息公示系统核查对方用章习惯，降低风险；
     
   • 风险补救：若已发生用章错误，应及时通过补充协议、公司声明等方式确认合同效力，或通过履行行为弥补形式瑕疵。
     

总结：合同章替代公章的效力需结合公司授权、相对人善意、合同内容等因素综合判断。建议根据具体场景评估风险，必要时通过法律手段固定证据或补救瑕疵。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同类型及用章背景。