遇到基本农田遭阻挠耕种的情况，可按以下步骤处理：
明确阻挠行为的性质与合法性
首先需判断阻挠行为是否合法。根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田受严格保护，任何单位或个人不得非法占用、破坏或阻挠合法耕种。若阻挠者无合法依据（如未取得土地征收、占用审批手续），其行为可能涉嫌违法，您有权继续耕种并要求对方停止侵害。
收集证据并固定现场情况
立即通过拍照、录像、录音等方式记录阻挠现场（如人员、车辆、破坏痕迹等），保留阻挠者的身份信息（如车牌号、外貌特征）。若存在书面阻挠通知或口头威胁，需记录具体内容、时间、地点及在场证人。这些证据是后续维权的关键。
与阻挠方协商或通过基层组织调解
若阻挠方为个人或企业，可尝试与其沟通，明确告知基本农田的合法用途及阻挠行为的违法性，要求其立即停止侵害。若协商无果，可请求村委会、乡镇政府或土地管理部门介入调解，通过行政途径化解纠纷。
向行政部门投诉或申请查处
若阻挠行为涉及非法占地、破坏耕地等违法行为，可向当地自然资源部门（原国土局）或农业农村部门举报，要求其依法查处。根据《土地管理法》第七十七条，非法占用基本农田的，可能面临责令退还、限期拆除、罚款等处罚。
提起民事诉讼或申请先予执行
若阻挠行为导致您无法耕种并造成经济损失（如误工费、种子化肥损失等），可向法院提起民事诉讼，要求阻挠方停止侵害、排除妨碍并赔偿损失。若情况紧急（如播种季节被耽误），可申请法院先予执行，强制对方停止阻挠行为。
涉及刑事犯罪时报警处理
若阻挠行为伴随暴力、威胁、毁坏财物等情节，可能涉嫌《刑法》中的破坏生产经营罪、故意毁坏财物罪或寻衅滋事罪。此时应立即报警，由公安机关立案侦查，追究阻挠者的刑事责任。
温馨提示：处理过程中需注意两点：一是避免与阻挠方发生直接冲突，防止自身受伤或被诬陷；二是及时咨询专业律师，根据阻挠方的主体身份（如个人、企业、政府）和具体行为（如口头阻挠、设置障碍、毁坏作物）制定针对性策略，确保维权合法有效。