当部门规章与地方性法规发生冲突时，应首先判断两者的法律地位和效力层级，并依据《中华人民共和国立法法》的相关规定，通过国务院提出意见或遵循“上位法优于下位法”、“新法优于旧法”、“特别法优于一般法”等原则进行裁决。以下是对此问题的详细分析：

一、法律地位与效力层级

1. 部门规章：由国务院所属部门制定，在全国范围内具有普遍约束力，主要体现全国性行政管理的统一性和协调性。
2. 地方性法规：由省、自治区、直辖市的人民代表大会及其常务委员会根据本行政区域的具体情况和实际需要制定，仅在本行政区域内有效，更能反映本地的实际需求和特殊情况，具有较强的地域性。

二、具体处理规则

1. 交由国务院提出意见：

   • 根据《立法法》，当地方性法规与部门规章对同一事项的规定不一致时，由国务院提出意见。
   • 如果国务院认为应当适用地方性法规，则决定在该地方适用地方性法规；如果国务院认为应当适用部门规章，则应提请全国人民代表大会常务委员会裁决。

2. 上位法优于下位法：

   • 通常，法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。因此，如果部门规章是依据法律或行政法规制定的，而地方性法规与之冲突，原则上应优先适用部门规章。
   • 但需注意，地方性法规若基于本地特殊情况或实际需要且不违背上位法基本原则作出的特别规定，在本地范围内有效。

3. 新法优于旧法：

   • 对于同一机关就同一事项在不同时间制定的法规，新制定的法规将取代旧的法规。

4. 特别法优于一般法：

   • 针对同一事项但内容有所不同的特别法和一般法，特别法的规定将优先于一般法。

三、实际应用中的指导意义

在处理具体案件时，应结合案件事实和法律条文的具体规定进行全面分析和判断。首先明确部门规章和地方性法规的法律地位和效力层级，然后依据上述处理规则进行逐一比对和分析，最终确定应适用的法律规范。这一过程需要严谨的法律逻辑和深厚的法律知识支撑，以确保法律的正确适用和统一实施。

举例说明：

假设某部门规章规定某类企业的设立条件为注册资本不低于100万元，而某地方性法规则规定在该地区设立同类企业的注册资本不得低于50万元。若某企业欲在该地区设立，且符合地方性法规的注册资本要求但不符合部门规章的要求，此时就产生了部门规章与地方性法规的冲突。根据“上位法优于下位法”的原则（若部门规章是依据上位法制定且地方性法规未违背上位法基本原则），或根据“地方性法规优先原则（特定情况）”（若地方性法规是基于本地特殊情况或实际需要制定），应优先适用地方性法规，允许该企业设立。但若地方性法规的规定与上位法的基本原则相违背，则应优先适用部门规章。

总结与建议：

处理部门规章和地方性法规的冲突是一个复杂而细致的过程，需要我们综合运用法律知识、法律原则和裁决机制来确保法律的正确适用。在遇到此类问题时，建议首先查阅相关法律法规，明确两者的法律地位和效力层级；然后依据上述处理规则进行比对和分析；若仍无法确定如何适用，可咨询专业律师或提请有关机关进行裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。