在当事人不识字的情况下，调查询问笔录可通过按手印、盖章或由他人代签并注明情况的方式签字确认，具体如下：
按手印确认：这是最常见且合法有效的方式。在当事人不识字或无法书写的情况下，可由当事人在笔录的每一页签名处或指定位置按上手印，以表示其对笔录内容的确认。按手印前，应确保当事人清楚笔录内容，并自愿按手印，最好有见证人在场。
盖章确认：如果当事人有个人印章，且该印章在法律上被认可为有效签名方式（如个人名章），那么当事人也可以在笔录上盖章以确认。但同样需要确保当事人清楚笔录内容，并自愿盖章。
他人代签并注明情况：在特殊情况下，如果当事人确实无法按手印或盖章，且没有合适的见证人，可以考虑由调查人员或在场的其他人员（非利害关系人）代为签名，但必须在签名处注明“代签”字样，并由当事人按手印或以其他方式确认其知晓并同意笔录内容。同时，代签人应尽可能详细地记录代签的原因和过程，以备后续查证。不过，这种方式存在一定风险，应谨慎使用，并尽量确保有其他证据（如录音、录像）佐证笔录内容的真实性。
额外建议：
全程录音录像：为了确保笔录的真实性和合法性，建议在制作笔录时全程录音录像，特别是当当事人不识字或无法书写时。这样可以记录下当事人对笔录内容的确认过程，包括其口头表述、按手印或盖章等动作，为后续可能出现的争议提供有力证据。
详细记录当事人情况：在笔录中详细记录当事人的不识字情况，以及为确认笔录内容所采取的措施（如按手印、盖章或代签等）。这有助于证明笔录的制作过程符合法律规定，且得到了当事人的有效确认。
确保当事人理解笔录内容：在制作笔录前，调查人员应使用通俗易懂的语言向当事人解释笔录的内容，确保当事人理解并同意笔录中的每一句话。如果当事人对笔录内容有疑问或异议，应及时进行解答和修正，直到当事人完全理解并同意为止。