交通事故工资证明即使写了“只做处理事故用”，后期仍然有可能用来仲裁，但具体能否作为有效证据，需结合实际情况判断。以下从几个角度为你详细分析：

1. 证据的效力问题：

   • 工资证明作为书面证据，其本身具有证明劳动关系及工资水平的效力。即便证明上标注了“只做处理事故用”，这并不影响其作为工资收入证明的基本属性。在仲裁或诉讼过程中，仲裁庭或法院会综合考虑证据的真实性、合法性和关联性来评判其证明力。
   • 如果该工资证明是真实出具的，且内容准确反映了你的工资情况，那么它仍然可以作为证明你工资水平的有效证据。标注的用途限制并不改变其作为证据的本质。

2. 仲裁的适用范围：

   • 劳动仲裁是处理劳动争议的前置程序，适用于因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等发生的争议。
   • 在交通事故导致的劳动争议中，如果涉及工资损失的赔偿问题，你可以通过劳动仲裁来主张你的权益。此时，工资证明就是证明你工资水平及因此遭受损失的重要证据。

3. 实际操作的建议：

   • 保留原件：确保你保留有工资证明的原件，以便在仲裁或诉讼过程中提交。
   • 补充证据：如果可能的话，你可以补充其他证据来佐证你的工资水平，如银行流水、工资条、劳动合同等。
   • 咨询专业意见：在准备仲裁材料或进行仲裁过程中，如果你对证据的效力或仲裁程序有疑问，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。

4. 可能的法律后果：

   • 如果工资证明被仲裁庭或法院采纳为有效证据，它将作为计算你因交通事故导致的工资损失的重要依据。
   • 如果工资证明因标注用途限制或其他原因被认为不具有证明力，你可能需要依靠其他证据来证明你的工资水平及损失情况。

总结来说，交通事故工资证明即使标注了“只做处理事故用”，后期仍然有可能用来仲裁。但具体能否作为有效证据，需结合实际情况及仲裁庭或法院的评判。如果你在准备仲裁材料或进行仲裁过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。