商标授权合同未备案依然是有效的，但存在无法对抗善意第三人的风险。以下是对这一问题的详细分析：
合同效力与备案的关系：
- 根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十九条的规定，商标使用许可合同（即商标授权合同）未经备案的，不影响该许可合同的效力，除非当事人另有约定。这意味着，只要商标授权合同是双方真实意思表示，且内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么该合同自成立时起就具有法律效力，备案并非合同生效的必要条件。
备案的法律意义：
- 备案虽然不是合同生效的必要条件，但它具有重要的法律意义。备案后的商标授权合同具有对抗第三人的法律效力。如果商标权人未将许可合同备案，而后又将该商标许可给善意的第三方并进行了备案，那么在先未备案的被许可人不能以其许可合同来对抗善意第三人基于备案许可所获得的权利。这是因为备案具有一定的公示作用，能够确保第三方在知情的情况下避免侵犯已许可的商标权。
未备案的风险：
- 未经备案的商标授权合同存在一定风险。最显著的是，被许可人在面对善意第三人时可能无法有效保护自己的权益。因为善意第三人基于备案的许可合同所获得的权利将受到法律保护，而未备案的被许可人可能因此面临被侵权的风险。例如，如果商标权人将商标同时许可给多个被许可人，但只有其中一个被许可人的合同进行了备案，那么在发生纠纷时，未备案的被许可人可能难以证明自己的权益。
建议与实践指导：
- 鉴于备案的重要性，建议商标注册人在许可他人使用其注册商标时，应当及时进行备案。这不仅可以保护商标注册人和被许可人的合法权益，还可以维护市场秩序和公平竞争。同时，被许可人也应当积极督促商标注册人办理备案手续，以确保自身权益得到充分保障。在签订商标授权合同时，双方也可以明确约定备案的时间和方式，以及未备案的法律后果，以进一步规范双方的行为。
举例说明：
假设A公司是某商标的注册人，B公司希望获得该商标的授权使用。双方签订了商标授权合同，但未进行备案。后来，A公司又将该商标授权给了C公司，并进行了备案。如果B公司和C公司都使用了该商标，并发生了纠纷，那么由于C公司的合同已经备案，其权利将受到法律保护。而B公司虽然也签订了合同，但由于未备案，可能难以证明自己的权益，从而面临被侵权的风险。
综上所述，虽然未备案的商标授权合同在双方之间是有效的，但为了保护双方的权益并避免潜在的纠纷，强烈建议在签订合同后及时进行备案。如果你有任何关于商标授权合同或知识产权方面的法律问题，都可以直接向我咨询。