专利实施许可合同未备案，并不影响合同的效力。以下从多个角度为你详细分析：
一、合同效力的法律依据
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。依法成立的合同，自成立时生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。
- 专利实施许可合同作为合同的一种，只要合同双方当事人具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该合同即告成立并生效，备案并非其生效的法定要件。
《中华人民共和国专利法》及《中华人民共和国专利法实施细则》的相关规定：
- 《专利法》第十二条规定，实施他人专利需与专利权人订立实施许可合同，并支付专利使用费。
- 《专利法实施细则》第十四条第二款明确，专利实施许可合同应自合同生效之日起3个月内向国务院专利行政部门备案。但此规定仅为备案的时间要求，并未将备案作为合同生效的条件。
二、未备案的法律后果
虽然未备案不影响专利实施许可合同的效力，但备案与否会带来不同的法律后果：
对抗第三人：
- 未备案的专利实施许可合同在合同双方之间仍然有效，但它不具有对抗善意第三人的效力。如果专利权人在未告知被许可人的情况下将专利转让给第三人，或者与第三人签订新的许可合同，且这些行为已经过备案或公示，那么原被许可人可能无法以其与原专利权人签订的许可合同来对抗新权利人或新被许可人。
举证难度增加：
- 在发生纠纷时，已备案的合同可以作为直接证据使用，证明合同的存在和内容。而未备案的合同，当事人可能需要提供其他证据来证明合同的有效性和履行情况，这增加了举证的难度和成本。
行政管理风险：
- 对于未备案的专利实施许可合同，国家知识产权局在进行相关审查或处理专利纠纷时，可能会要求当事人补充提供备案材料或进行说明。如果当事人无法及时提供有效的备案材料或说明，可能会影响其权益的保护。
三、特殊情况下的合同效力
如果专利许可合同涉及外国人、外国企业或者外国其他组织在中国境内实施的情况，根据《专利法》的相关规定，必须经过国务院专利行政部门的批准，并且在合同中明确约定相关条款，否则该合同将不具有法律效力。这种情况下，合同的批准和明确条款就显得尤为重要，而备案虽然不是生效要件，但也是后续管理和保护权益的重要环节。
四、建议
为了增强合同的法律效力，更好地保障双方的权益，并便于后续的行政管理及权利保护，建议专利实施许可合同的双方还是按照相关法律法规的规定进行备案。这样不仅可以减少潜在的法律风险，还能在发生纠纷时提供更有力的证据支持。
如果你在专利实施许可合同方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。