员工手册中写有绩效考核不达标可以辞退的条款，并不能直接作为合法辞退员工的依据。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。这意味着，仅仅因为员工绩效考核不达标，并不能直接辞退员工，而是需要经过一系列的法定程序。

具体来说，如果员工绩效考核不达标，用人单位应当首先安排员工进行岗位培训，或者根据其能力重新分配工作岗位。如果员工经过培训或者调整工作岗位后，仍然不能胜任工作，那么用人单位才可以在提前三十日以书面形式通知员工或者额外支付员工一个月工资的前提下，解除劳动合同。

此外，员工手册中的相关条款也需要符合法律法规的规定。如果员工手册中的条款与法律法规相冲突，那么这些条款将是无效的。因此，用人单位在制定员工手册时，应当确保其中的条款符合法律法规的规定，避免因为违法条款而引发劳动纠纷。

综上所述，员工手册中写有绩效考核不达标可以辞退的条款，并不能直接作为合法辞退员工的依据。用人单位在辞退员工时，应当遵循法律法规的规定，确保辞退行为的合法性。如果员工认为自己的权益受到了侵害，可以依法向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁。