核心结论：在甲方已付款但乙方未开票且甲方面临破产的情况下，乙方需根据业务性质、合同约定及破产程序规则，通过申报债权、主张优先权或追究违约责任等方式维护权益。以下是具体分析：

1. 明确业务性质与合同条款

• 合同效力：首先需确认双方签订的合同是否合法有效。若合同明确约定了开票义务、付款条件及违约责任（如逾期开票的违约金），乙方可依据合同主张权利。
• 业务实质：若业务属于增值税应税范围，乙方未开票可能涉及税务违法（如偷逃税款），但甲方破产程序中仍可申报债权，税务问题需另行处理。

2. 破产程序中的债权申报

• 申报债权：根据《企业破产法》第48条，乙方应在法院规定的债权申报期限内，向管理人申报债权（包括未开票对应的货款或服务费）。申报时需提供合同、付款凭证、交付凭证等证据。
• 债权性质：若合同已履行完毕（如货物已交付、服务已完成），仅因未开票未结算，债权通常属于普通债权；若合同未完全履行，可能涉及共益债务或取回权（需具体分析）。

3. 未开票对债权的影响

• 税务风险转移：乙方未开票可能导致甲方无法抵扣进项税，但甲方破产时，税务机关可能向乙方追缴税款（如要求补开发票）。乙方需评估是否需补开发票以避免税务处罚。
• 债权金额认定：管理人可能以“未开票”为由主张扣除税款部分，但乙方可主张合同价款已包含税款，或要求甲方承担未履行开票义务的违约责任。

4. 特殊情形下的优先权

• 建设工程价款优先权：若业务属于建设工程，乙方可能依据《民法典》第807条主张优先受偿权（优先于普通债权）。
• 留置权：若乙方合法占有甲方财产（如货物未交付），可主张留置权并优先受偿。

5. 违约责任与损害赔偿

• 合同约定：若合同明确约定了未开票的违约责任（如支付违约金），乙方可一并申报违约金债权。
• 实际损失：若因甲方破产导致乙方额外损失（如资金占用利息、诉讼费用），可主张损害赔偿，但需证明损失与破产的因果关系。

6. 实务建议

• 立即申报债权：在破产公告发布后尽快申报，避免逾期丧失权利。
• 补全证据链：整理合同、付款记录、交付凭证、沟通记录等，证明业务真实性及债权金额。
• 咨询管理人：与管理人沟通未开票原因及解决方案（如补开发票、调整债权金额）。
• 参与债权人会议：了解破产进展，行使表决权，维护自身权益。

总结：乙方需优先通过破产程序申报债权，同时评估未开票的税务及合同风险，必要时主张优先权或违约责任。具体操作需结合合同条款、业务性质及破产管理人要求，建议提供详细资料进一步分析。